公司不可以保管员工的保安证，这种做法不合法。

首先，从法律角度来看，保安证是员工个人依法取得的执业资格证书，属于员工个人所有。公司无权以任何名义扣押或保管员工的个人证件，包括保安证。这种做法不仅侵犯了员工的个人财产权，还可能构成对员工的不当限制或约束。

其次，根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司应当尊重员工的合法权益，包括但不限于员工的个人财产权。如果公司擅自保管员工的保安证，可能会引发劳动纠纷，甚至导致法律诉讼。

最后，从实际操作角度来看，公司保管员工的保安证也存在诸多不便和风险。例如，如果公司因管理不善导致保安证丢失或损坏，将需要承担相应的法律责任。此外，员工在离职时也可能因证件被扣押而与公司产生不必要的争执。

综上所述，公司不可以保管员工的保安证，这种做法既不符合法律规定，也不符合实际操作的需要。如果公司需要员工提供保安证的相关信息或复印件，应当与员工进行协商，并明确约定使用范围和保管责任。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。