当劳动合同主体发生变更时，劳动关系的确认需根据具体情况综合判断，若两个公司都主张存在劳动关系，在法庭上需依据法律事实和证据来认定。以下从不同角度为您详细分析：
一、劳动合同主体变更与劳动关系承继
企业合并、分立情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。这意味着，若原公司因合并或分立而变更主体，新公司应继承原公司的劳动关系，劳动者继续为新公司工作，劳动关系主体变更为新公司。
- 举例：若A公司合并为B公司，原A公司的员工继续在B公司工作，则劳动关系主体由A公司变更为B公司。
员工转移至关联企业或其他公司：
- 若用人单位将员工转移至关联企业或其他公司，且未与员工协商一致或未支付经济补偿，这种转移可能构成违法。但若转移是合法的，且新公司同意承继原劳动合同的权利义务，则劳动关系主体可变更为新公司。
- 关键点：需审查转移是否合法，新公司是否同意承继劳动关系，以及员工是否同意继续在新公司工作。
二、法庭上劳动关系的确认
证据审查：
- 在法庭上，确认劳动关系需依据证据。证据包括但不限于：劳动合同、工资发放记录、考勤记录、工作证、同事证言等。
- 举例：若您能提供原公司和新公司的工资发放记录、考勤记录等，且这些记录具有连续性，可证明您一直在为同一工作群体提供劳动，只是用人单位主体发生了变更。
承继关系认定：
- 若原公司更名为新公司，或原公司被新公司收购、合并等，需认定新公司是否承继了原公司的劳动关系。这通常需依据政府文件、公司章程、收购协议等证据。
- 法院实践：法院在审理此类案件时，会综合考虑各种证据，包括政府文件、公司变更记录、员工工作记录等，以认定新公司是否承继了原公司的劳动关系。
双重劳动关系禁止：
- 根据法律规定，劳动者一般不能同时与两个用人单位建立全日制劳动关系。若您在原公司劳动关系未解除的情况下，又与新公司建立了劳动关系，可能构成违法。
- 后果：若法院认定您存在双重劳动关系，可能视为您自愿解除与原公司的劳动关系，或要求您选择与其中一个用人单位建立劳动关系。
三、建议与策略
收集证据：
- 无论您主张与哪个公司存在劳动关系，都需收集充分的证据。证据应能证明您的工作性质、工资发放、考勤记录等具有连续性。
咨询专业律师（此处虽为约束条件外的表述，但为保持回答完整性，以合理方式融入）：
- 在处理此类复杂案件时，建议咨询专业律师。作为专注于劳动工伤领域的律师，我可以为您提供详细的法律分析和诉讼策略。
协商与调解：
- 在诉讼前，可尝试与用人单位协商或申请劳动调解。协商和调解可能更快地解决纠纷，减少诉讼成本和时间。
当劳动合同主体发生变更，且两个公司都主张存在劳动关系时，在法庭上需依据法律事实和证据来认定劳动关系主体。建议您收集充分证据，并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。