结论：建设工程已结算后又主张工程未做完，处理方式需依据结算协议的具体内容、双方约定以及相关法律法规来综合判断。

1. 结算协议的效力

• 结算协议生效后的约束：一旦双方签订了结算协议，并且该协议已经生效，那么该协议就对双方具有法律约束力。这意味着，除非协议中有特别约定，否则发包人不能以承包人未完成全部工程为由，拒付或减付工程款。同样，承包人也不能以发包人原因导致工程延期为由，要求赔偿停工、窝工等损失。
• 例外情况：如果结算协议中明确约定了某些未完成工程或质量问题的处理方式，或者双方后续又达成了新的补充协议，那么这些约定将优先于一般原则适用。

2. 发包人的权利与义务

• 质量保修责任：即使结算协议已经生效，发包人仍然有权依据约定或法律、行政法规的规定，要求承包人承担质量保修责任。如果工程存在质量问题，发包人可以要求承包人进行修复或赔偿。
• 主张未完成工程的限制：在结算协议生效后，发包人通常不能以工程未做完为由，拒付或减付工程款。但如果发包人能证明承包人存在故意隐瞒未完成工程或欺诈行为，可能会获得法律支持，但这需要充分的证据支持。

3. 承包人的应对策略

• 核查结算协议：承包人应首先核查结算协议的具体内容，确认是否包含了所有已完成和未完成的工程部分，以及相应的价款支付条款。
• 提供证据：如果发包人主张工程未做完，承包人应提供充分的证据证明工程已经按照协议要求完成，或者证明未完成部分是由于发包人的原因导致的。
• 协商与诉讼：在双方无法达成一致的情况下，承包人可以选择通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。在诉讼过程中，法院将依据结算协议、双方约定以及相关法律法规来作出判决。

4. 法律建议

• 完善结算协议：为了避免类似争议的发生，双方在签订结算协议时应尽可能详细、明确地约定工程完成情况、价款支付方式、质量保修责任等关键条款。
• 保留证据：在施工过程中和结算后，双方都应保留好相关证据，如施工记录、验收报告、付款凭证等，以便在发生争议时能够提供有力的证据支持。
• 及时咨询律师：如果双方在处理此类争议时遇到困难或无法达成一致，应及时咨询专业律师，以便获得更专业的法律建议和帮助。

在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此处理方式也会有所差异。如果你或你的公司遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。