发现已支付但工程未完成，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 核实合同条款与支付情况

   • 首先，仔细审查您与承包方签订的建设工程合同，确认合同中关于工程进度、支付条款以及违约责任的具体约定。
   • 核实您是否已按照合同约定的时间和方式支付了工程款，包括预付款、进度款等。
   • 如果发现支付与合同约定不符，或者承包方存在违约行为，如未按时开工、工程进度滞后等，应立即收集相关证据，如支付凭证、合同文本、沟通记录等。

2. 与承包方沟通协商

   • 在掌握充分证据的基础上，主动与承包方进行沟通，了解工程未完成的具体原因。
   • 尝试通过友好协商的方式解决争议，如要求承包方加快工程进度、采取补救措施或赔偿损失等。
   • 如果协商成功，可以签订书面协议，明确双方的权利义务和后续工程进度安排，以确保工程能够按时完成。

3. 发送催告函或律师函

   • 如果协商无果，您可以考虑向承包方发送催告函，明确要求其在一定期限内完成工程，并警告其可能承担的法律责任。
   • 催告函应详细列明合同条款、支付情况、工程进度滞后的事实以及您的具体要求。
   • 如果情况复杂或争议较大，您可以委托律师发送律师函，以更正式、更具法律效力的方式向承包方表达您的诉求。

4. 考虑解除合同并追究违约责任

   • 如果承包方在收到催告函或律师函后仍未采取积极措施完成工程，且其行为已构成根本违约，您可以考虑解除合同。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 因此，在解除合同的同时，您可以要求承包方赔偿因工程未完成给您造成的损失，包括但不限于直接经济损失、预期利益损失等。

5. 申请仲裁或提起诉讼

   • 如果双方无法通过协商或调解解决争议，您可以根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
   • 如果没有仲裁条款或仲裁协议，您可以直接向人民法院提起诉讼，要求承包方承担违约责任并赔偿损失。
   • 在仲裁或诉讼过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张，如合同文本、支付凭证、沟通记录、损失计算依据等。

6. 申请财产保全或强制执行

   • 如果您担心承包方在仲裁或诉讼过程中转移财产或逃避责任，您可以向法院申请财产保全措施，如查封、扣押、冻结承包方的财产。
   • 如果仲裁裁决或法院判决生效后，承包方仍未履行义务，您可以向法院申请强制执行，要求法院采取强制措施迫使承包方履行义务。

在处理此类纠纷时，建议您注意以下几点：

• 保持冷静和理性，避免情绪化行为影响纠纷的解决。
• 及时收集并保存相关证据，以便在需要时提供有力支持。
• 咨询专业律师的意见，确保自己的权益得到充分保障。

如果您在处理此类纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。