不签综合工时制本身并不直接导致赔偿，但企业若因此违法解除劳动合同，则需承担赔偿责任。以下从不同角度进行详细分析：
一、综合工时制的性质与签订要求
综合工时制是一种特殊工时制度，它允许企业在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。这种工时制度必须由企业和员工经过协商来确定，并需获得劳动行政部门的审批。因此，员工不签署综合工时制，并不构成违法或违约行为，企业不能因此直接要求员工赔偿或采取其他不利措施。
二、企业违法解除劳动合同的赔偿责任
违法解除的情形：
- 若企业未经过法定程序（如未获得劳动行政部门的审批）就推行综合工时制，员工拒绝签署是合理的，企业不能因此解除劳动合同。
- 即便企业已经依法完成了审批，但员工仍然不签时，企业也不能轻易地做出辞退的决定。此时，企业需要和员工进行更深入的沟通，了解员工心中的顾虑，尝试对工作安排进行调整，或者协商出其他的解决办法。若企业直接辞退员工，则很可能构成违法解除劳动合同。
赔偿责任的承担：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，企业违法解除劳动合同的，应当按照经济补偿标准的两倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿标准通常根据劳动者在本单位的工作年限和月工资来确定。
三、员工应对策略与建议
了解自身权益：
- 员工应了解综合工时制的性质、签订要求以及企业违法解除劳动合同的法律后果，以便在必要时维护自己的合法权益。
与企业沟通协商：
- 若员工对综合工时制有顾虑或不愿签署，应与企业进行坦诚的沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：
- 若企业采取违法措施（如违法解除劳动合同），员工应及时寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的处理
- 企业已获审批但员工仍不签：在此情况下，企业应继续与员工沟通协商，尝试调整工作安排或协商其他解决办法。若无法达成一致，企业可考虑通过法律途径解决争议，但不得直接辞退员工。
- 员工因不签综合工时制而遭受不利待遇：若员工因不签综合工时制而遭受降薪、调岗等不利待遇，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求企业恢复原待遇或赔偿损失。