结论：公司因考核不合格解除合同并扣工资是否合法，需分情况讨论。若公司扣款未超过当月工资的20%，且符合规章制度，则合法；但若以此为由解除合同，则可能违法，需支付经济补偿。
一、关于扣工资是否合法
合法情形：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：若员工当月工资为5000元，公司因考核不合格扣除的工资不得超过1000元（即5000元的20%）。
违法情形：
- 若公司扣款额度超出了当月薪酬的20%，则构成违规行为，员工有权向相关机构提起申诉和劳动仲裁。
二、关于因考核不合格解除合同是否合法
合法解除的情形：
- 根据《劳动法》的规定，员工考核不合格后，用人单位若以绩效考核不合格辞退员工，前提是要事先与员工有这样的约定，并且也有相关制度为依据。
- 若员工不能胜任岗位，公司要安排培训或调整工作岗位。经过培训或调整工作岗位后，员工仍不能胜任的，公司才能单方解除劳动合同，并支付经济补偿。经济补偿的标准为：一年一个月工资，六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
违法解除的情形：
- 若公司未事先与员工约定考核不合格的后果，或未提供培训、调整工作岗位等机会，直接以考核不合格为由解除劳动合同，则构成违法解除。
- 案例：如北京市第二中级人民法院披露的案例中，甲公司以员工张某考核不合格为由解除劳动合同，但法院认为甲公司未对张某进行培训或调整工作岗位，故解除行为违法，双方应继续履行劳动合同。
三、建议
对于员工：
- 了解公司规章制度的具体内容，特别是关于考核、扣款和解除合同的规定。
- 若公司扣款或解除合同行为违法，可向劳动仲裁机构提起申诉或劳动仲裁。
对于公司：
- 制定规章制度时，应确保合法性、合理性及程序正当性。
- 在解除劳动合同前，应确保已履行培训、调整工作岗位等义务，并支付相应的经济补偿。
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