结论：公司不能随意以考核不合格为由扣员工工资，除非在劳动合同中有明确且合法的约定，或依据合法有效的规章制度，并且扣减行为需符合公平合理原则及法律限制。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这确立了工资支付的基本原则，即除非有合法依据，否则不得克扣工资。
二、劳动合同约定与规章制度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了工资构成、考核标准及对应的工资发放方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，公司在员工考核不合格时，可按照约定适当调整工资。
- 调整必须合理、透明，并有明确的计算依据。例如，销售岗位设定阶梯式提成制度，未完成基础业绩按比例降低奖金，这种调整方式在合理范围内是被允许的。
规章制度规定：
- 公司合法有效的规章制度中，若对考核和工资扣减有明确规定，且该规章制度经过民主程序制定并已向员工公示或告知，公司在员工考核不合格时，依据规章制度扣减工资在一定程度上可能被认可。
- 但规章制度内容同样需合理合法，不得显失公平。例如，规章制度中不能规定因考核不合格而全额扣发工资，这种规定显然是不合理的。
三、扣减行为的限制与原则
法律限制：
- 公司扣减工资后的金额不得低于当地最低工资标准。
- 公司不得以考核不合格为由恶意克扣工资，作为变相裁员或不合理降低人力成本的手段。
公平合理原则：
- 扣减行为必须符合公平合理原则，扣减数额和方式需合理，不能过高或过低。
- 公司应提供员工改进的机会和具体指导，不能仅以考核不合格为由直接扣减工资。
通知与知情权：
- 公司在扣减工资前，应提前通知员工，并说明扣除的原因、金额和期限等细节，确保员工的知情权不受侵犯。
四、员工权益保护
与公司协商：
- 员工首先可尝试与公司沟通，要求按合同约定和法律规定支付工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商不成，员工可向当地劳动监察部门投诉，由其调查处理。
申请劳动仲裁：
- 员工还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被克扣的工资，并可主张相应的赔偿。
五、实际案例与操作建议
实际案例：
- 假设某公司销售岗位员工因未完成季度销售目标，公司依据劳动合同中的约定，按比例降低了其奖金部分，但未影响其基本工资。这种调整方式在合理范围内，且符合劳动合同的约定，因此是被允许的。
操作建议：
- 公司在制定考核制度和工资扣减规定时，应确保内容合法、合理、透明，并经过民主程序制定和公示。
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成、考核标准和工资发放方式的部分，确保自己的权益不受侵害。
总结：公司在员工考核不合格时是否有权扣减工资，需综合考虑劳动合同约定、规章制度规定、法律限制及公平合理原则等多个因素。员工在面对此类情况时，应积极维护自身合法权益，通过合法途径寻求解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。