结论：公司发一千多元工资却扣一百多元个税是否合法，不能一概而论，需结合具体个税计算规则及工资构成来判断。

分析：

1. 个税计算规则：

   • 根据我国个人所得税法，工资、薪金所得适用超额累进税率，税率为3%至45%。具体税率和速算扣除数根据应纳税所得额确定。
   • 应纳税所得额 = 工资总额 - 免征额（目前为5000元/月） - 专项扣除（如社保、公积金等） - 专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等）。
   • 若应纳税所得额为正，则需按适用税率缴纳个税；若为负或零，则无需缴纳。

2. 工资构成与个税扣除：

   • 若一千多元为税前工资，且扣除免征额、专项扣除及专项附加扣除后，仍有应纳税所得额，则需按税率缴纳个税。此时，扣一百多元个税可能是合法的。
   • 计算公式：应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。例如，若应纳税所得额为1000元，适用税率为3%，则应纳税额 = 1000 × 3% - 0 = 30元。若实际扣除一百多元，则可能存在计算错误或额外扣除项（如非法定扣除）。
   • 若一千多元为税后工资，则公司扣一百多元个税显然不合法，因为税后工资已扣除个税。

3. 可能存在的违法情况：

   • 计算错误：公司可能错误计算了应纳税所得额或适用税率，导致多扣个税。
   • 非法扣除：公司可能非法扣除了不属于个税范围的费用，如罚款、押金等。
   • 未履行告知义务：公司未向员工明确说明个税计算方式及扣除项目，侵犯了员工的知情权。

建议：

• 核实工资条：员工应仔细核对工资条，确认税前工资、税后工资、个税扣除额及计算方式是否正确。
• 咨询公司财务：如有疑问，可向公司财务部门咨询个税计算细节，要求其提供计算依据。
• 投诉与维权：若发现公司存在违法扣除个税的情况，员工可向当地税务部门投诉，或通过法律途径维护自身权益。

法律后果：

• 若公司违法扣除个税，可能面临税务部门的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金及罚款等。
• 员工有权要求公司退还多扣的个税，并可要求公司赔偿因此造成的损失。

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