工资按两种模式发放是否合法，需视具体情况而定，关键在于是否符合法律法规的要求。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性判断标准
工资支付形式合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。这意味着，无论采用现金、银行转账还是其他合法形式，只要是以法定货币支付，且符合双方约定，就是合法的。
- 若两种模式均涉及法定货币支付，且用人单位与劳动者之间有明确的约定，那么这种发放方式在形式上可能是合法的。
工资支付内容合法性：
- 工资支付内容必须合法，即不得低于当地最低工资标准，且应包含劳动者应得的全部报酬，如基本工资、奖金、津贴等。
- 若两种模式中，有一种模式支付的工资低于最低工资标准，或者未包含劳动者应得的全部报酬，那么这种发放方式就是违法的。
二、可能存在的违法情形
规避法律义务：
- 用人单位可能通过两种模式发放工资，试图规避某些法律义务，如逃避社会保险费缴纳、个人所得税缴纳等。这种行为是违法的，一旦被发现，将面临法律制裁。
损害劳动者权益：
- 若两种模式发放工资导致劳动者实际收入减少，或者劳动者对工资发放方式存在异议且未得到合理解决，那么这种发放方式可能损害劳动者权益，也是违法的。
三、法律建议与合规操作
明确约定：
- 用人单位与劳动者之间应明确约定工资发放方式、时间、金额等关键条款，并签订书面劳动合同。这有助于避免纠纷的发生，并保障双方的合法权益。
遵守法律法规：
- 用人单位应严格遵守国家法律法规，确保工资支付的合法性、合规性。不得以任何形式克扣或拖欠劳动者工资，也不得通过不正当手段规避法律义务。
保留证据：
- 无论是现金支付还是银行转账支付，用人单位都应做好工资支付的记录，并保存至少两年以上。这有助于在发生劳动纠纷时提供必要的证据材料。
四、实际案例与风险提示
- 实际案例：曾有企业通过两种模式发放工资，一种为基本工资（现金支付），另一种为奖金（银行转账支付）。但企业未将奖金部分纳入社会保险费缴纳基数，导致劳动者在享受社会保险待遇时受到损失。最终，企业被责令补缴社会保险费，并支付了相应的滞纳金。
- 风险提示：用人单位在采用两种模式发放工资时，应特别注意遵守法律法规，确保工资支付的合法性和合规性。否则，一旦被发现存在违法行为，将面临法律制裁和声誉损失。
总结来看，工资按两种模式发放是否合法，需根据具体情况判断。若符合法律法规要求，且双方有明确约定，那么这种发放方式可能是合法的。但若存在规避法律义务、损害劳动者权益等情形，那么这种发放方式就是违法的。因此，建议用人单位在采用两种模式发放工资时，务必遵守法律法规，确保工资支付的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。