结论：船员中介与船东签订合同约定工资由中介代发，但船员不同意的情况下，船员有权表达自己的意愿，并可通过与中介、船东协商或采取法律手段来维护自身权益。
一、船员不同意工资由中介代发的法律背景
在劳动关系中，工资的支付方式和支付对象通常应由劳动者（即船员）与用人单位（即船东）协商确定。若合同中约定工资由中介代发，但船员对此表示不同意，这涉及到船员对自身劳动报酬支付方式的自主选择权。根据相关法律法规，劳动者有权获得与其劳动相对应的报酬，且报酬的支付方式应得到劳动者的同意。
二、船员可采取的措施
与中介、船东协商：
- 船员可以首先尝试与中介和船东进行沟通，表达自己对工资支付方式的不同意，并寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商过程中，船员可以提出自己的合理诉求，如要求工资直接由船东支付，或要求中介提供更为透明、合理的代发方案。
审查合同条款：
- 船员应仔细审查与中介、船东签订的合同，特别是关于工资支付方式的条款。
- 若合同中存在不公平、不合理的条款，或中介、船东未按照合同约定履行义务，船员可以依据合同条款或相关法律法规，要求中介、船东承担相应的法律责任。
寻求法律援助：
- 若协商无果，船员可以寻求法律援助，包括咨询专业律师或向劳动监察部门投诉。
- 律师可以为船员提供法律意见，帮助船员了解自身权益，并指导船员如何采取法律手段维护自身权益。
- 劳动监察部门可以对中介、船东的违法行为进行调查和处理，保护船员的合法权益。
三、可能的法律后果
若中介、船东坚持按原合同执行：
- 若中介、船东坚持按照原合同约定由中介代发工资，且船员不同意，这可能导致双方产生争议。
- 在此情况下，船员可以通过法律途径解决争议，如提起劳动仲裁或诉讼。
若中介、船东同意修改合同：
- 若中介、船东同意修改合同，按照船员的意愿调整工资支付方式，则双方可以继续履行合同，避免争议的发生。
四、建议与提醒
- 保留证据：船员在处理此类问题时，应保留好与中介、船东的沟通记录、合同文本等相关证据，以备不时之需。
- 及时行动：船员在发现自身权益受到侵害时，应及时采取行动，避免错过维权时机。
- 咨询专业律师：虽然在此回答中我提供了全面的法律分析和建议，但每个具体案件都有其独特性。因此，船员在处理实际问题时，仍建议咨询专业律师以获取更为精准的法律意见。
船员在面对工资由中介代发但不同意的情况时，应积极表达自己的意愿，并通过协商、审查合同条款或寻求法律援助等方式来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。