公司停工只发基本工资是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、停工留薪期（因工伤或职业病停工）
若员工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗，即处于停工留薪期，那么根据《工伤保险条例》的规定，公司应按月支付与原工资福利待遇相等的薪资。这里的“原工资福利待遇”不仅包括基本工资，还涵盖了奖金、津贴、补贴等各项福利。因此，在停工留薪期内，公司若仅支付基本工资而忽略了其他部分的收入，则显然违反了相关规定。
应对措施：
- 与公司沟通协商，要求其按照原工资福利待遇足额发放停工留薪期工资。
- 若协商无果，可收集相关证据（如劳动合同、工资发放记录、工伤认定决定书、医院诊断证明等），向劳动监察部门投诉。
- 也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付停工留薪期内应发的工资差额。若对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。
二、非因劳动者原因造成的停工停产（如疫情、经济困难等）
若公司因非劳动者原因（如疫情、经济困难等）导致停工停产，那么根据《工资支付暂行规定》第十二条的规定，处理方式会有所不同：
在一个工资支付周期内：公司应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资，包括基本工资和可能的绩效奖金等。此时，仅发放基本工资可能构成违法，除非劳动合同中明确约定了基本工资即为全部工资。
超过一个工资支付周期后：
- 若劳动者提供了正常劳动，公司应支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准。
- 若劳动者没有提供正常劳动，公司应当按照不低于当地最低工资标准的70%或80%（具体比例根据地方规定）支付劳动者基本生活费。在这种情况下，若基本工资不低于当地政策规定的基本生活费标准，公司仅发放基本工资可能是合法的。
特殊情况考虑：
- 企业与员工的协商：在停工停产期间，企业与员工可以通过协商的方式就工资待遇进行调整。如果双方达成一致，即使调整后的工资待遇低于原劳动合同约定的标准，也是合法的。
- 员工实际工作情况：如果员工在停工停产期间提供了正常劳动（如远程办公），那么公司应按照劳动合同约定的标准或双方协商确定的标准向员工支付工资。
三、建议与总结
- 了解具体情况：首先，您需要了解公司停工的具体原因以及停工的时间长度，以便判断公司是否违反了相关法律法规。
- 与公司沟通：在了解情况后，您可以尝试与公司进行沟通，表达您的诉求和依据，看是否能够达成一致。
- 寻求法律帮助：如果沟通无果，您可以收集相关证据，向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：公司停工只发基本工资是否合法，需根据停工的具体原因、停工时间长度以及劳动合同中的相关约定来判断。在大多数情况下，特别是停工留薪期内，公司仅发放基本工资是不合法的。若遇到此类情况，建议您及时与公司沟通并寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。