关于档案中早期合同年龄涂改但与后期档案一致，退休时是否还会查的问题，结论是：退休审核时仍有可能对档案进行审查，包括对年龄等关键信息的核对，但具体是否会因涂改问题产生实质性影响，需视涂改原因、性质及审核部门的判断而定。 以下从不同角度进行分析：

1. 退休审核的常规流程

退休审核是社保部门或相关单位对职工退休资格进行确认的重要环节，其中年龄是核心审核要素之一。根据现行规定，退休年龄的认定通常以职工档案中最早记载的出生日期为准（如《劳动和社会保障部关于制止和纠正违反国家规定办理企业职工提前退休有关问题的通知》中虽未直接提及涂改问题，但强调了档案记载的重要性）。因此，即使后期档案与涂改后的早期合同年龄一致，审核部门仍可能对档案进行全面审查，包括对涂改痕迹的关注。

2. 涂改问题的性质与影响

• 若涂改系笔误或无恶意修改，且能提供合理证明：
  例如，早期合同因书写错误导致年龄涂改，但后续档案（如入职登记表、工资表等）均一致，且单位能出具证明说明涂改原因，则审核部门可能认可其真实性，不影响退休办理。但需注意，证明材料需充分、合法，且审核部门有权要求补充证据。

• 若涂改存在主观恶意或无法合理解释：
  如为延迟退休而故意涂改年龄，或涂改痕迹明显且无合理依据，则可能被认定为“档案造假”。根据《劳动合同法》及相关规定，伪造档案可能影响退休资格，甚至面临行政处罚或法律责任。此时，审核部门可能要求进一步核查，或直接不予认可涂改后的年龄。

3. 实务中的处理建议

• 主动说明情况：
  若发现档案中存在涂改，建议提前向单位或社保部门说明情况，并提交相关证明材料（如早期合同原件、单位证明、同事证言等），以减少审核时的疑虑。

• 配合审核程序：
  退休审核时，需按要求提交完整档案材料，并配合审核部门的询问或调查。若对审核结果有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

• 咨询专业意见：
  因档案涂改问题可能涉及法律风险，建议提前咨询专业律师，评估涂改性质及后果，并制定应对策略。

4. 法律风险提示

• 档案造假的法律后果：
  根据《刑法》及相关规定，伪造国家机关公文、证件或档案的，可能构成犯罪，需承担刑事责任。即使未达到犯罪程度，也可能面临行政处罚（如罚款、通报批评等）。

• 退休资格丧失的风险：
  若涂改被认定为恶意造假，可能导致退休资格被取消，已领取的养老金可能需退还，并影响后续社保待遇。

总结：档案中早期合同年龄涂改但与后期档案一致，退休时仍可能被审查。关键在于涂改的性质及能否提供合理证明。建议提前准备材料、主动说明情况，并咨询专业律师以规避风险。如有进一步疑问，可直接向我提问。