总公司签订合同收款，以分公司开票在一定条件下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
合法性的核心条件
公司法的支持：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。但分公司可以依法取得营业执照，并在总公司的授权范围内开展业务活动，包括开具发票。这为分公司代总公司开票提供了法律基础。
税法的合规性：
- 《中华人民共和国发票管理办法》规定，对外发生经营业务收取款项的单位和个人，收款方应当向付款方开具发票。这意味着，只要分公司实际参与了合同对应的业务并收取了款项，其开具发票的行为在法律上是被允许的。
- 税法并未严格禁止总公司签合同、分公司开票的操作模式，但要求业务必须真实，发票与实际交易相符。
内部授权与统一核算：
- 总公司必须向分公司出具明确的内部授权，授权分公司负责合同业务中的发票开具等相关事宜。
- 分公司应实际提供与合同相关的货物或服务，并确保业务的真实性。
- 总公司与分公司之间应实行统一核算，或至少确保税务处理的合规性，以避免出现税务风险。
税务合规与申报：
- 分公司开具发票后，需按照税收法规的要求进行纳税申报和缴纳税款，确保税收征管流程的合规性。
- 无论分公司是独立核算还是非独立核算，其纳税义务都应得到妥善处理，避免偷税漏税等违法行为。
特殊行业的规定
- 对于建筑企业提供的建筑服务，税法可能有特别规定。例如，总公司可以与发包方签订建筑合同，并通过内部授权或三方协议的方式，授权分公司为发包方提供建筑服务并收款开票。这体现了税法对建筑行业的特殊考虑和灵活性。但这一规定并不适用于所有行业，其他行业需遵循一般性的税法规定。
法律风险与注意事项
业务不真实的风险：
- 如果合同签订与实际业务不匹配，或分公司未实际参与合同对应的业务而纯粹为了开票而开票，将构成虚开发票行为，面临严重的法律后果，包括罚款、没收违法所得、甚至追究刑事责任等。
税务处理不当的风险：
- 若总公司和分公司在税务处理上没有按照规定进行，如未正确申报纳税、未缴纳应纳税款等，可能导致纳税申报不准确，进而面临税务机关的处罚。
合同纠纷与税务风险：
- 为确保安全合规，企业应确保相关手续齐全、合规，如签订明确的内部授权协议、确保合同与实际业务一致等，以避免出现法律问题。
建议：在实际操作中，为确保合法合规，建议企业采取以下措施：
- 明确总公司与分公司的职责和权限，签订内部授权协议；
- 确保分公司实际参与合同对应的业务，并保留相关证据；
- 按照税收法规的要求进行纳税申报和缴纳税款；
- 定期进行税务自查和风险评估，及时发现并纠正潜在问题。
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