结论：未经公司允许将公司加入联合工会，是否会向公司收费，这主要取决于联合工会的具体规定和操作方式，但通常情况下，未经公司明确同意，联合工会不应擅自向公司收费。
一、联合工会的性质与运作方式
联合工会通常是由多个企业或组织共同组成的，旨在维护成员单位的共同利益，协调劳动关系，提供相关服务等。其运作方式和经费来源通常会在其章程或相关协议中明确规定。一般来说，联合工会的经费可能来源于成员单位的会费、捐赠、政府补助等多种渠道。
二、未经公司允许加入联合工会的情况
工会加入程序：
- 通常情况下，企业加入联合工会需要遵循一定的程序，包括提交申请、审核批准等。未经公司允许，擅自将公司加入联合工会，可能违反了工会的加入程序。
收费问题：
- 如果联合工会的章程或相关协议中明确规定了成员单位需要缴纳会费或其他费用，那么理论上，只有经过公司明确同意并成为工会成员后，公司才需要承担这些费用。
- 未经公司允许，联合工会擅自向公司收费，可能构成不当得利或侵权行为，公司有权拒绝支付，并可能寻求法律途径维护自身权益。
三、法律建议与风险防范
核实工会加入情况：
- 公司应首先核实自身是否已被未经允许加入联合工会，以及该工会的具体规定和操作方式。
与工会沟通：
- 如果发现公司已被擅自加入联合工会，公司应与工会进行沟通，明确表达公司的立场和意愿，要求工会停止未经授权的行为。
寻求法律帮助：
- 如果与工会沟通无果，或工会坚持向公司收费，公司可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自身权益。例如，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
完善内部管理：
- 公司应完善内部管理，加强对外部组织加入的审核和批准程序，防止类似情况再次发生。
四、可能的法律后果
- 如果联合工会擅自向公司收费，且公司拒绝支付，工会可能面临法律纠纷和声誉损失。
- 公司如果未经核实就支付了费用，可能面临不必要的经济损失。
总结：未经公司允许将公司加入联合工会，并擅自向公司收费，是不合法的行为。公司应核实自身情况，与工会沟通，并在必要时寻求法律帮助。同时，公司也应完善内部管理，防止类似情况再次发生。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。