判决中不对案件实体审查而直接以超过诉讼时效为由驳回诉讼请求，在符合法定条件的情况下是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、诉讼时效的法律规定

根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的权利的制度。当诉讼时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权，可以拒绝履行债务。法院在审理案件时，若发现原告的诉讼请求已超过诉讼时效期间，且被告提出诉讼时效抗辩，法院可以依法驳回原告的诉讼请求。

二、法院驳回诉讼请求的合法性

1. 法定情形：当法院查明原告的诉讼请求确实已超过诉讼时效期间，且被告明确提出诉讼时效抗辩时，法院依据法律规定驳回原告的诉讼请求是合法的。这种情况下，法院无需对案件实体进行深入审查，因为诉讼时效的届满已经构成了对原告权利行使的法定限制。

2. 程序正当性：法院在驳回诉讼请求时，应确保程序正当，即给予原告充分的陈述和申辩机会，并审查被告提出的诉讼时效抗辩是否成立。若程序存在瑕疵，如未给予原告充分陈述机会或未正确审查诉讼时效抗辩，则驳回诉讼请求的决定可能因程序违法而被撤销。

三、特殊情况下的考虑

1. 被告未提出诉讼时效抗辩：若被告在诉讼过程中未提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查诉讼时效问题，而是会对案件实体进行审查并作出判决。这是因为诉讼时效抗辩是被告的一项权利，若被告放弃行使，法院无权主动介入。

2. 诉讼时效中断或中止：在诉讼时效期间内，若发生法定事由导致诉讼时效中断或中止，如原告向被告提出履行请求、被告同意履行义务等，则诉讼时效期间会重新计算或暂停计算。这种情况下，即使原告在原诉讼时效期间届满后提起诉讼，也可能因诉讼时效的中断或中止而获得法院的保护。

四、法律建议

1. 及时行使权利：为避免因诉讼时效届满而丧失权利，权利人应在法定期间内及时行使权利，如提起诉讼、申请仲裁等。

2. 注意诉讼时效的抗辩：作为被告，在诉讼过程中应注意审查原告的诉讼请求是否已超过诉讼时效期间，并在必要时提出诉讼时效抗辩。

3. 咨询专业律师：在涉及诉讼时效的问题时，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。

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