结论：再审诉讼时效超期后违法立案，但案件一旦进入实体审判阶段，其合法性需从多个角度综合分析，不能简单判定为违法或不合法。
分析如下：
诉讼时效与立案的关系：
- 诉讼时效是法律规定的请求权行使的期限，超过该期限，权利人将丧失胜诉权。然而，诉讼时效的超过并不直接导致案件无法立案。立案是法院对案件进行初步审查后，决定是否受理的过程，它主要关注的是案件是否符合受理条件，如原告是否适格、被告是否明确、诉讼请求是否具体等，而并不直接涉及诉讼时效的问题。
- 如果法院在立案时未严格审查诉讼时效，或者因疏忽、错误等原因对超过诉讼时效的案件进行了立案，这确实存在程序上的瑕疵。但这并不意味着案件一旦进入实体审判就必然违法。
实体审判的合法性：
- 实体审判是法院对案件进行实质审查，包括事实认定和法律适用的过程。在实体审判阶段，法院会全面审查案件事实、证据以及适用的法律，包括诉讼时效的问题。
- 如果被告在实体审判阶段提出诉讼时效抗辩，且法院经审查认为确实超过诉讼时效，那么法院可能会驳回原告的诉讼请求。但这并不意味着整个审判过程违法，而是法院根据法律规定作出的合法裁决。
- 如果被告未提出诉讼时效抗辩，或者法院认为即使超过诉讼时效，但基于其他理由（如存在中断、中止等情形）仍应支持原告的诉讼请求，那么法院可能会作出有利于原告的裁决。这种情况下，实体审判的合法性也是不受影响的。
违法立案的法律后果：
- 如果法院确实存在违法立案的情形，即明知诉讼时效已过仍予以立案，这可能构成程序违法。但程序违法并不直接导致实体审判的违法性，而是可能引发对立案程序的审查、纠正或相关责任人员的追责。
- 对于当事人而言，如果因法院违法立案而遭受了损失（如不必要的诉讼费用、时间成本等），可以依法向法院提出异议或申请复议，甚至可以通过上诉、申诉等途径寻求救济。
建议：
- 对于原告而言，在提起诉讼前应仔细审查诉讼时效，确保在有效期内行使请求权。如果确实超过诉讼时效，应谨慎考虑是否提起诉讼，并准备好应对被告可能提出的诉讼时效抗辩。
- 对于被告而言，在收到法院传票后应认真审查案件材料，包括诉讼时效的问题。如果认为原告的请求已超过诉讼时效，应及时向法院提出抗辩，以维护自己的合法权益。
- 如果当事人对法院的立案或审判过程有异议，应及时向法院提出并寻求救济。如有需要，也可以直接向我咨询相关法律问题，我会根据具体情况提供专业的法律意见。