将原商业厂房改为批发市场是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、规划与用途变更

1. 规划许可：

   • 商业厂房与批发市场在规划用途上可能存在差异。若要将商业厂房改为批发市场，首先需确认该变更是否符合当地的城市规划和土地利用规划。
   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，任何单位和个人进行建设活动，必须遵守城乡规划，服从规划管理。因此，若变更用途未经规划部门批准，则可能构成违法。

2. 用途变更手续：

   • 即便规划上允许变更，也需按照法定程序办理用途变更手续。这通常包括向相关部门提交申请、提供必要的资料和证明、经过审批等环节。
   • 若未办理相关手续而擅自变更用途，则可能面临行政处罚，甚至被要求恢复原状。

二、产权与租赁关系

1. 产权人意愿：

   • 若商业厂房的产权人同意将其改为批发市场，并愿意承担相应的法律责任和风险，则从产权角度而言，该变更可能具有合法性。
   • 但需注意，产权人的同意并不意味着可以忽视规划、消防等法律法规的要求。

2. 租赁关系：

   • 若商业厂房为租赁物，则承租人未经出租人同意擅自改变租赁物用途的，可能构成违约。
   • 此外，若租赁合同中明确约定了租赁物的用途，承租人违反约定改变用途的，出租人有权要求承租人承担违约责任。

三、消防与安全要求

1. 消防安全：

   • 批发市场作为人员密集场所，对消防安全有较高要求。若原商业厂房的消防设施不符合批发市场的消防标准，则需进行改造和升级。
   • 若未经消防部门验收合格而擅自投入使用，则可能构成违法，并面临相应的行政处罚。

2. 安全要求：

   • 除了消防安全外，批发市场还需满足其他安全要求，如结构安全、电气安全等。若原商业厂房在这些方面存在隐患，也需进行整改。

四、建议与措施

1. 咨询相关部门：

   • 在决定将原商业厂房改为批发市场前，建议先咨询当地的规划、消防、工商等部门，了解相关法律法规和政策要求。

2. 办理相关手续：

   • 若符合规划要求且产权人同意变更用途，则需按照法定程序办理用途变更手续、消防验收手续等。

3. 签订租赁合同（如适用）：

   • 若为租赁物，建议与出租人签订详细的租赁合同，明确租赁物的用途、改造责任、违约责任等条款。

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