将原有工业用地上的厂房擅自改成商业性质超市使用，主要违反了《中华人民共和国土地管理法》以及《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 违反《中华人民共和国土地管理法》：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第五十六条，建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地；确需改变该幅土地建设用途的，应当经有关人民政府自然资源主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。其中，在城市规划区内改变土地用途的，在报批前，应当先经有关城市规划行政主管部门同意。
   • 分析：工业用地和商业用地在土地用途上是明确区分的，擅自将工业用地上的厂房改为商业性质超市使用，显然改变了土地的原定用途，且未经相关部门批准，因此违反了《中华人民共和国土地管理法》的相关规定。

2. 违反《中华人民共和国城乡规划法》：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十三条，建设单位应当按照规划条件进行建设；确需变更的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请。变更内容不符合控制性详细规划的，城乡规划主管部门不得批准。城市、县人民政府城乡规划主管部门应当及时将依法变更后的规划条件通报同级土地主管部门并公示。建设单位应当及时将依法变更后的规划条件报有关人民政府土地主管部门备案。
   • 分析：将工业用地上的厂房改为商业性质超市使用，不仅改变了土地用途，还可能涉及建筑结构的改变、使用功能的调整等，这些都需要符合城乡规划的要求。未经相关部门批准擅自进行改造，违反了《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。

法律后果：

• 擅自改变土地用途和违反城乡规划的行为，可能会面临责令限期拆除、恢复原状、罚款等行政处罚。
• 如果改造行为对周边环境、公共安全等造成严重影响，还可能承担更严重的法律责任。

建议：

• 如果您有将工业用地上的厂房改为商业性质超市使用的需求，建议先向相关部门（如自然资源主管部门、城乡规划主管部门）咨询并办理相关手续，确保改造行为合法合规。
• 如果已经擅自进行了改造，建议尽快与相关部门沟通，了解整改要求，并积极配合整改工作，以避免更严重的法律后果。

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