工业用地厂房开商超违反了《山东省土地管理实施办法》中关于土地用途管制的规定。具体分析如下：

一. 违法事实分析

1. 土地性质与用途不符：工业用地是专门用于工业生产的土地，其使用应严格遵守土地规划和管理法规。将工业用地厂房用于开设商超，显然改变了土地的原定用途，违反了土地用途管制的基本原则。
2. 违反地方土地管理法规：在山东省，土地的管理和使用需遵循《山东省土地管理实施办法》。该办法明确规定了土地的使用应按照规划进行，不得擅自改变土地用途。因此，将工业用地厂房改为商超，直接违反了这一地方性法规。

二. 法律依据

• 《山东省土地管理实施办法》：该办法具体规定了土地的使用、管理、监督等方面的内容，强调土地的使用必须符合规划，并严格按照规划确定的用途使用。违反规定擅自改变土地用途的，将承担相应的法律责任。

三. 处理建议

1. 立即整改：建议相关责任人立即停止违法使用行为，将工业用地厂房恢复原状，或按照法定程序申请改变土地用途。
2. 接受处罚：对于已经发生的违法行为，应主动接受相关部门的处罚，包括但不限于罚款、恢复原貌等。
3. 加强法律意识：建议相关责任人加强土地管理法规的学习，增强法律意识，避免类似违法行为再次发生。

我建议您尽快采取措施，纠正违法行为，并咨询当地自然资源和规划部门，了解具体的整改要求和流程。如有进一步需要，您可以继续咨询我。