针对您提出的“劳动合同在A公司，但社保在B公司缴纳是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法律关系的复杂问题。以下是我为您提供的详细分析：
一、合法性的判断依据
首先，我们需要明确的是，劳动合同与社保缴纳主体的不一致性，其合法性并非绝对，而是取决于多种因素的综合考量。
委托代缴协议的合法性：
- 如果A公司与B公司之间存在合法的委托代缴协议，并且该协议符合相关法律法规和政策规定，那么这种操作在形式上可能是合法的。但前提是，这种委托关系必须得到劳动者的明确同意，并且不损害劳动者的合法权益。
劳动者知情同意：
- 劳动者在签订劳动合同时，或在实际操作过程中，应被告知社保将由B公司代缴，并应获得劳动者的书面同意。这是保障劳动者知情权的重要一环，也是减少法律风险的关键。
关联公司或劳务派遣关系：
- 如果A公司和B公司是关联公司，或者存在劳务派遣等合法的合作关系，并且这种操作符合当地法律法规的规定，那么社保在B公司缴纳也可能是合法的。
二、可能存在的违法风险
然而，我们也必须看到，这种操作模式可能带来的违法风险：
损害劳动者权益：
- 代缴可能导致劳动者在享受购房、落户、子女上学等政策时遇到障碍。此外，如果B公司管理不善或资金出现问题，可能导致社保和公积金未能按时足额缴纳，进而影响劳动者的社保待遇和公积金使用。
违反劳动和社保法规：
- 社保和公积金的缴纳主体应与劳动关系主体一致。如果A公司将缴纳义务委托给B公司而无合理依据和规范操作，可能被视为未履行法定缴纳义务，存在违反劳动法律法规的嫌疑。相关部门可能要求A公司改正，并可能面临罚款等行政处罚。
三、劳动者的应对措施
如果您作为劳动者遇到这种情况，并且认为自己的权益受到了损害，您可以采取以下措施：
与A公司协商：
- 首先，您可以尝试与A公司进行协商，了解清楚社保在B公司缴纳的具体原因和依据，并表达自己的关切和诉求。
向相关部门投诉：
- 如果协商不成，您可以向劳动监察部门、社保部门或公积金管理中心投诉，反映自己的情况并寻求帮助。
通过法律途径维护权益：
- 如果必要，您还可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
四、总结与建议
综上所述，劳动合同在A公司但社保在B公司缴纳的合法性取决于多种因素。作为劳动者，您在遇到这种情况时，务必了解清楚相关情况，并咨询专业的法律人士或劳动监察部门，以确保自己的权益得到妥善保护。同时，作为用人单位，A公司也应遵守相关法律法规，确保社保和公积金的缴纳符合规定，避免潜在的法律风险。