在行政诉讼案件的审理过程中，如果法院发现案件中涉及行政机关工作人员的违法行为，包括违反政纪或犯罪行为，会按照以下步骤和原则进行处理：

首先，需要明确的是，行政诉讼主要关注的是行政行为的合法性，而行政机关工作人员的违反政纪或犯罪行为，并不直接属于行政诉讼的审理范围。然而，当这些行为与正在审理的行政案件有关联时，法院就有责任进行相应的处理。

一、违反政纪的处理

如果法院在审理过程中认为行政机关的主管人员或直接责任人员存在违反政纪的行为，它会将这些相关材料移送给该行政机关本身、其上一级行政机关，或者是监察、人事等有权处理的部门。这些部门会根据政纪规定对相关人员进行调查和处理。

二、犯罪行为的处理

若法院认为行政机关的主管人员或直接责任人员有犯罪行为，它会将这些材料移送给公安机关或检察机关。公安机关会负责立案侦查，而检察机关则负责审查起诉。在这个过程中，法院会确保所有违法犯罪的事实和相关证据都被明确且完整地移交给司法机关。

三、审理与查处的协调

在行政诉讼进行的同时，如果发现了违法犯罪的线索，法院会确保行政诉讼的审理不受影响，继续推进以确定行政行为的合法性。同时，它也会迅速将这些线索移交给有管辖权的司法机关，以便他们能及时开展立案侦查、审查起诉等工作。

四、相关人员的配合义务

在行政诉讼过程中，如果涉及违法犯罪行为的行政机关相关人员，他们有义务积极配合司法机关的调查工作，不能设置任何障碍。这是为了确保违法犯罪行为能得到及时、有效的查处。

五、对行政诉讼结果的影响

如果违法犯罪行为与行政诉讼案件的关系特别紧密，甚至可能对行政诉讼的结果产生影响，那么法院会根据具体情况作出相应的裁判。这体现了法院在维护法律公正和社会秩序方面的责任。

总的来说，法院在行政诉讼中发现行政机关工作人员的违法行为时，会确保行政诉讼的审理与违法犯罪的查处相互协调，以维护法律的公正和社会的秩序。