在行政诉讼过程中，若发现行政机关存在违法违纪行为，这是一个需要严肃对待并依法处理的问题。以下是我为您整理的详细处理步骤和法律依据，旨在帮助您清晰、全面地理解并应对此类情况。

一、明确违法违纪行为的性质和严重程度

首先，您需要对发现的违法违纪行为进行细致分析，确定其性质（如贪污受贿、滥用职权、程序违法等）和严重程度（是否构成刑事犯罪），以及该行为与行政诉讼案件的关联程度。这是后续处理的基础，有助于您采取更恰当的措施。

二、根据违法违纪行为主体和性质采取不同处理方式

1. 涉及行政机关工作人员违法违纪

   • 贪污受贿、滥用职权等犯罪行为：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十六条，人民法院应将有关材料移送监察机关，由其对公职人员的违法违纪行为进行调查和处置。您作为当事人，也可以向监察机关举报此类行为。

   • 一般性违法违纪行为：同样依据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十六条，人民法院可将材料移送该行政机关或其上一级行政机关，由其进行内部处理，如给予行政处分。您也可以向相关行政机关的上级部门或纪检监察部门反映情况。

2. 涉及行政机关程序违法

   • 程序轻微违法：如果行政行为程序轻微违法，但对您的权利不产生实际影响，人民法院可能判决确认违法，但不撤销行政行为。此时，您可以要求行政机关纠正程序违法行为，并考虑是否提起上诉或申请再审。

   • 程序严重违法：如果行政行为程序严重违法，且对您的权利产生了实际影响，人民法院应依法判决撤销或部分撤销该行政行为，并可要求行政机关重新作出合法合理的行政行为。您应积极收集证据，支持法院的判决。

三、行政处罚与刑事诉讼的衔接

• 根据《行政处罚法》第二十八条，若行政机关在实施行政处罚时发现违法行为涉嫌犯罪，应及时将案件移送司法机关处理。这意味着，在行政诉讼中发现的违法犯罪行为若达到刑事立案标准，行政机关应立即停止行政处罚程序，并移送案件材料。您作为当事人，也可以向公安机关或检察机关举报此类行为。

四、法院对具体行政行为的合法性审查

• 法院在审理行政诉讼时，会对涉及的具体行政行为进行合法性审查。若发现具体行政行为存在违法情形，法院有权判决撤销或部分撤销该行政行为。您应充分利用这一法律机制，维护自己的合法权益。

五、法律责任追究

• 对于发现的违法违纪行为，无论是否涉及行政诉讼，都应依法追究相关责任人的法律责任，包括刑事责任、行政责任以及可能的民事赔偿责任等。您可以通过法律途径，要求相关责任人承担相应的法律责任。

六、具体应对措施

1. 收集证据：及时收集与违法违纪行为相关的证据，如执法记录仪视频、证人证言、书面材料等。

2. 向法院反映：在行政诉讼过程中，向法院说明发现的违法违纪行为，并提供相关证据。

3. 向监察机关或上级部门举报：根据违法违纪行为的性质和严重程度，向监察机关或相关行政机关的上级部门举报。

4. 申请国家赔偿：如果因行政机关的违法违纪行为给您造成了损失，您可以在行政诉讼中一并提起行政赔偿请求，或者在行政行为被确认违法后单独提起行政赔偿诉讼。

结论

在行政诉讼中发现行政机关违法违纪行为时，您应依据上述法律框架和程序进行处理。通过明确违法违纪行为的性质和严重程度，采取不同的处理方式，并加强行政处罚与刑事诉讼的衔接，以及利用法院对具体行政行为的合法性审查机制，您可以有效维护自己的合法权益，并促进社会秩序和公共利益的维护。