在刑事案件中发现有违反行政处罚的情形，通常可以按照以下方式处理：

1. 区分行为性质，分别处理

   • 若行政违法行为与刑事犯罪行为独立存在：即某一行为仅违反行政法规，不构成犯罪，而另一行为构成犯罪。此时，对违反行政处罚的行为，应由行政机关依法作出行政处罚决定，如罚款、拘留等；对构成犯罪的行为，则由司法机关依法追究刑事责任。两者并行不悖，互不影响。
   • 若行政违法行为是刑事犯罪行为的组成部分或前置行为：例如，某些犯罪行为需要先经过行政处罚程序，或行政违法行为在量上达到一定程度才构成犯罪。在这种情况下，行政处罚可能作为刑事责任追究的前置程序或参考因素。但一旦进入刑事诉讼程序，行政处罚的效力通常会被刑事判决所吸收或替代，即“一事不再罚”原则在刑事领域的体现。不过，这并不意味着行政处罚完全无效，它可能在量刑时作为从轻、减轻或从重的情节予以考虑。

2. 行政处罚与刑事处罚的衔接

   • 信息共享与协作：在刑事案件侦查过程中，如果发现存在违反行政处罚的行为，侦查机关应及时与相关行政机关沟通，共享信息，确保行政处罚与刑事处罚的有效衔接。
   • 移送程序：如果行政违法行为涉嫌犯罪，行政机关在查处过程中发现案件性质发生变化，应及时将案件移送司法机关处理，避免以罚代刑。
   • 证据转化：在刑事诉讼中，行政机关在行政处罚过程中收集的证据，如果符合刑事诉讼证据的要求，可以作为刑事诉讼的证据使用，但需经过司法机关的审查和认定。

3. 特殊情况下的处理

   • 行政拘留折抵刑期：如果行为人因同一行为先被行政拘留，后又被判处刑罚，且行政拘留与刑罚执行的时间有重叠，根据法律规定，行政拘留的期限可以折抵相应刑期。
   • 罚款与罚金的转换：在极少数情况下，如果行政机关已对行为人处以罚款，而后续司法机关又判处了罚金，且罚款与罚金针对的是同一违法行为，根据法律规定，罚款可以折抵相应罚金。但这种情况较为特殊，需严格依据法律规定处理。

总结与建议：在刑事案件中发现有违反行政处罚的情形时，应首先区分行为性质，明确是独立存在还是作为犯罪行为的组成部分。然后，根据具体情况，遵循行政处罚与刑事处罚的衔接原则，确保两者之间的有效协调。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。