关于单位工程不走中介超市进行预决算，而由施工方自行完成是否违规的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 法律法规的直接规定

• 一般原则：在建设工程领域，预决算通常需要遵循一定的程序和标准，以确保工程的公平、公正和透明。然而，法律法规并未明确规定所有工程都必须通过中介超市进行预决算。
• 特定情形：如果地方性法规、规章或行业规范中明确规定了必须通过中介超市进行预决算，那么单位不遵守这一规定就可能构成违规。但这种情况需要具体查阅相关地方性法规或行业规范来确定。

2. 合同约定

• 合同自主性：在建设工程合同中，双方可以约定预决算的方式和程序。如果合同中明确规定了由施工方自行完成预决算，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法就是合法的。
• 合同审查：然而，如果合同中的约定与法律法规相冲突，或者存在显失公平、欺诈等情形，那么这种约定可能无效。因此，在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保其合法性和有效性。

3. 行业惯例和最佳实践

• 行业惯例：在建设工程领域，通过中介超市进行预决算可能是一种常见的做法，因为它可以提供更专业、更公正的服务。但这并不意味着所有工程都必须遵循这一惯例。
• 最佳实践：从最佳实践的角度来看，通过中介超市进行预决算可以减少争议和纠纷，提高工程的透明度和公信力。然而，如果单位有足够的能力和资源来确保预决算的准确性和公正性，那么自行完成预决算也是可行的。

4. 可能的法律后果

• 违规后果：如果单位不遵守相关法律法规或合同约定，擅自改变预决算的方式和程序，可能会面临行政处罚、合同纠纷等法律后果。
• 风险防范：为了避免这些法律后果，单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保预决算的合法性和有效性。同时，单位也可以考虑通过内部审核、外部审计等方式来加强预决算的管理和监督。

建议：

• 查阅相关法律法规：单位应首先查阅相关的地方性法规、规章或行业规范，了解是否对预决算的方式和程序有明确规定。
• 审查合同条款：单位应仔细审查建设工程合同中的预决算条款，确保其合法性和有效性。
• 加强内部管理：无论选择哪种预决算方式，单位都应加强内部管理，确保预决算的准确性和公正性。
• 咨询专业律师：如果单位对预决算的方式和程序存在疑问或担忧，可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。