可以起诉。针对甲方不付工程款还要无端扣款的情况，我们可以从以下几个角度进行分析：
一、法律角度
合同效力：
- 首先，要确认您与甲方之间签订的建设工程合同是否合法有效。如果合同内容合法、双方意思表示真实，且不存在违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗的情形，那么该合同对双方均具有法律约束力。
- 甲方不按照合同约定支付工程款，已经构成了违约行为。
违约责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 在此情况下，您有权要求甲方按照合同约定支付工程款，并承担因违约造成的损失，包括但不限于利息、律师费、诉讼费等。
无端扣款：
- 如果甲方无端扣款，且该扣款行为没有合同依据或法律依据，那么这种行为同样构成了违约或侵权。
- 您有权要求甲方返还被无端扣款的金额，并可能要求甲方承担因此造成的额外损失。
二、实务操作角度
收集证据：
- 在起诉前，您需要收集充分的证据来证明甲方未支付工程款和无端扣款的事实。这些证据可能包括合同文本、工程进度报告、付款记录、沟通记录等。
- 证据的充分性和真实性对于诉讼的成败至关重要。
起诉流程：
- 您需要向有管辖权的人民法院提起诉讼，并提交起诉状和相关证据。
- 法院在受理案件后，会依法进行审理，并作出判决。如果甲方不履行判决，您还可以申请强制执行。
诉讼风险：
- 诉讼过程中存在一定的风险，如证据不足、法律适用错误等。因此，在起诉前，您需要充分评估诉讼风险，并制定相应的诉讼策略。
- 聘请一位有经验的律师来协助您处理诉讼事务，可以大大降低诉讼风险。
三、建议与提醒
及时沟通：
- 在起诉前，您可以尝试与甲方进行沟通，看是否能够通过协商解决纠纷。这不仅可以节省时间和成本，还有可能维护双方的合作关系。
法律咨询：
- 如果您对法律程序或诉讼风险存在疑虑，可以随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议。
保留权利：
- 在整个过程中，您需要保留好自己的权利，包括但不限于要求甲方支付工程款、返还无端扣款、承担违约责任等。不要因为甲方的拖延或威胁而放弃自己的合法权益。
针对您的情况，我建议您首先收集相关证据，然后向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您可以寻求我的专业帮助，以确保您的权益得到充分维护。