关于公司称员工12年累计欠公司250小时工时是否违法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若员工欠工时是由于自身原因：

   • 如果员工因为个人原因（如请假、迟到早退、工作效率低下等）未能按照劳动合同或合理的工作计划提供足够的工作时长，那么这确实可能构成违反劳动合同或公司规章制度的行为。
   • 在这种情况下，公司有权根据内部规定对员工进行处分，如书面警告、扣除绩效奖金等。但公司必须确保其规章制度在制定和实施过程中符合法律规定，比如规章制度需要经过民主程序制定，且内容不违反法律法规的强制性规定。
   • 同时，公司需要保留相关证据，如考勤记录、工作安排通知、请假记录等，以证明员工确实存在欠工时的情况。

2. 若员工欠工时并非由于自身原因：

   • 如果员工欠工时是由于公司原因造成的，比如公司安排的工作任务不饱和、工作设备故障导致无法正常工作、公司调整工作时间或工作安排等，那么员工不应承担责任。
   • 在这种情况下，公司无权以欠工时为由对员工进行处分。如果公司因此扣减员工工资或进行其他不利处理，员工有权依法维护自己的权益。

3. 关于欠工时的合法性判断：

   • 判断员工是否欠工时以及欠工时是否合法，需要综合考虑劳动合同的约定、公司规章制度的规定、实际工作情况以及相关法律法规的规定。
   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了工作时长和考勤制度，且员工确实违反了这些规定，那么公司有权依法进行处理。但如果劳动合同或规章制度中没有明确规定，或者规定本身违反了法律法规的强制性规定，那么公司就不能以欠工时为由对员工进行不利处理。

法律建议：

• 对于公司而言，如果发现员工存在欠工时的情况，应首先与员工进行深入沟通，了解原因并尝试解决问题。如果确实需要处分员工，应确保处分依据合法、程序正当，并保留好相关证据。
• 对于员工而言，如果认为自己并不存在欠工时的情况或者公司的处分依据不合法，可以与公司进行协商或向劳动监察部门投诉。如果问题无法得到解决，还可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。

可能后果：

• 如果公司未经合法程序或没有合法依据就以欠工时为由对员工进行不利处理（如扣减工资、解除劳动合同等），员工有权依法要求公司承担相应的法律责任，包括但不限于补发工资、支付经济补偿金等。
• 如果员工确实存在欠工时的情况且违反了劳动合同或公司规章制度的规定，公司有权依法进行处分，但处分必须合法、合理且程序正当。

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