员工手册和劳动合同不可以合二为一。以下从法律性质、制定程序及法律效力三个角度进行详细分析：
法律性质不同
劳动合同：在性质上属于合同、协议，是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。它必须是合同各方协商而订立，至少表面上劳动合同也是双方协商订立，而不是公司单方面制定。虽然在实际操作中，合同条款大部分可能由公司拟定，但形式上仍需体现双方协商一致的结果。
员工手册：则属于公司的规章制度，不是合同。它是公司单方面制定的，用于规范员工行为、明确公司管理规则的文件。只要内容合法，并且在制定的程序上征求了员工或者员工代表的意见，员工手册就可以适用。
制定程序不同
劳动合同：其制定和签订过程必须遵循协商一致的原则。劳动者和用人单位在签订劳动合同时，有权就合同条款进行协商，任何一方不得将自己的意志强加给另一方。
员工手册：虽然劳动法律要求企业制定规章制度时，要征求员工意见，要有民主程序，但这与作为合同的一方协商订约是完全不同的。员工手册的制定更多体现的是公司的单方面意志，但需确保内容合法且程序民主。
法律效力不同
劳动合同：一旦签订，即对劳动者和用人单位产生法律约束力。双方必须按照合同约定履行各自的义务，否则将承担法律责任。
员工手册：虽然也具有一定的法律效力，但其效力范围主要限于公司内部管理。员工手册的规定不能违反法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。同时，员工手册的规定也不能与劳动合同相冲突，否则应以劳动合同为准。
法律建议：
对于用人单位而言，应分别制定劳动合同和员工手册，明确各自的内容和效力范围。劳动合同应详细规定劳动者的工资、工作时间、休息休假等核心权益；而员工手册则应侧重于公司内部管理规则、员工行为规范等方面。
对于劳动者而言，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。同时，也应了解并遵守公司的员工手册规定，以免因违反规定而受到处罚。
可能的法律后果：
如果用人单位将员工手册和劳动合同合二为一，可能会导致合同条款模糊不清、权利义务不明确等问题。一旦发生劳动争议，双方可能因合同解释问题而产生分歧，增加解决争议的难度和成本。
如果员工手册的规定违反法律法规的强制性规定或与劳动合同相冲突，那么这些规定将被视为无效。用人单位可能因此面临法律责任和声誉损失。
综上所述，员工手册和劳动合同在法律性质、制定程序及法律效力等方面均存在显著差异，因此不能合二为一。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。