在工厂午休时因处理问题后被扣工资，是否合法需分情况判断：

1. 若午休处理问题属于正常工作范畴或工厂安排的任务：

   • 工厂扣除工资的行为通常不合法。根据《工资支付暂行规定》及相关劳动法律法规，劳动者在正常工作时间内提供了劳动，用人单位应当按照劳动合同约定的标准支付工资。午休时间若被工厂占用用于处理工作相关问题，应视为工作时间的延续，工厂无权扣除工资。
   • 法律建议：劳动者可先与工厂协商，要求补发被扣除的工资。若协商不成，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。

2. 若午休处理问题属于个人行为，与工厂工作无关：

   • 工厂扣除工资的行为可能合法，但需具体看工厂规章制度及劳动合同约定。若工厂规章制度中明确规定，午休时间属于个人休息时间，处理个人事务导致无法正常工作，工厂有权根据规章制度扣除相应工资，且该规章制度已通过民主程序制定并公示，劳动者也已知悉，则工厂的行为可能合法。
   • 但需注意：即使属于个人行为，工厂扣除工资也需遵循合理、合法的原则，不能随意克扣。若扣除的工资数额过大或无正当理由，劳动者仍可提出异议。
   • 法律建议：劳动者应首先查看工厂规章制度及劳动合同中关于工资扣除的条款。若认为工厂扣除工资的行为不合理或违法，可与工厂协商，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。

3. 若工厂以“午休处理问题影响工作效率”等为由扣除工资：

   • 工厂需提供充分证据证明劳动者的行为确实影响了工作效率，且该影响与工资扣除之间存在直接因果关系。若无法提供充分证据，工厂扣除工资的行为可能不合法。
   • 法律建议：劳动者可要求工厂提供相关证据。若工厂无法提供，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求工厂补发被扣除的工资。

额外提醒：

• 劳动者在遇到工资被扣除的情况时，应首先保持冷静，收集相关证据，如工资条、考勤记录、工厂规章制度等。
• 与工厂协商时，应明确表达自己的诉求和理由，要求工厂给出合理的解释和依据。
• 若协商不成，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。

总结：工厂在午休时因劳动者处理问题而扣除工资的行为是否合法，需根据具体情况判断。劳动者在遇到此类情况时，应首先查看工厂规章制度及劳动合同中的相关条款，然后与工厂协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。