工厂员工工伤在医院治疗超过48小时后死亡，不纳入工亡事故统计。以下是对此问题的详细分析：

一. 工亡事故统计的法律依据

根据《工伤保险条例》第十五条的规定，员工在工作时间和工作岗位突发疾病死亡，或者在48小时之内经抢救无效死亡的，应被视同工伤。这意味着，在工亡事故统计中，员工因工伤事故导致的死亡，若发生在工作时间和工作岗位，且自发病到死亡的时间不超过48小时（包括48小时），则会被纳入工亡事故统计。

二. 超过48小时死亡的情况

1. 不纳入工亡事故统计：如果员工在医院治疗超过了48小时并因工伤事故导致的伤害死亡，根据《工伤保险条例》及相关规定，这将不被视为工亡。因此，其死亡情况不会纳入工亡事故统计。
2. 补偿情况：虽然超过48小时死亡的员工不能享受工亡待遇，如丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金等，但其家属仍有可能获得一定的补偿。具体补偿标准可能因地区和具体情况而异，但通常包括企业提供的丧葬补助费和供养直系亲属救济费等。这些费用的具体金额和支付方式应根据相关法律法规和企业政策来确定。

三. 特殊情况说明

• 工伤事故的延续性：需要注意的是，如果员工在工伤事故后已经确认为工伤，并在救治过程中因工伤导致的并发症或其他原因死亡，即使死亡时间超过了48小时，其死亡仍可能与工伤事故有直接关系。在这种情况下，虽然不纳入工亡事故统计，但员工家属可能仍然有权享受因公去世的相关待遇。然而，这需要具体情况具体分析，并依据相关法律法规进行认定。
• 其他相关法规：此外，根据《企业职工伤亡事故分类标准》(GB6441-86)及相关补充规定，生产安全事故中（包括工厂事故），若工人在事故发生后30日内因事故直接导致死亡，应计入事故总死亡人数。这一规定与工亡事故统计的48小时时限有所不同，它主要用于事故的总体统计和报告，而非工亡待遇的认定。

我的观点：在工厂员工工伤事故的处理中，对于死亡时间的认定是确定是否纳入工亡事故统计的关键因素。根据《工伤保险条例》的规定，超过48小时死亡的员工不纳入工亡事故统计。然而，对于具体情况的认定仍需依据相关法律法规和实际情况进行综合判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。