结论：公司一般不能直接以敲诈为由告员工，但若能证明员工存在恶意敲诈行为，可通过法律途径维护自身权益。以下从不同角度进行分析：
一、员工以不签劳动合同为由仲裁的合法性
根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。因此，如果公司确实存在未依法与员工签订劳动合同的情况，员工有权以此为由向劳动争议仲裁机构申请仲裁，要求公司支付相应的双倍工资等补偿。这是员工的合法权利，不属于敲诈行为。
二、员工恶意敲诈的认定与应对
恶意敲诈的认定：
- 如果员工并非因为公司未签劳动合同而遭受实际损失，而是出于其他不正当目的（如谋取私利、报复公司等），故意以不签劳动合同为由进行威胁或索要财物，且数额较大或情节严重，那么这种行为可能构成敲诈。
- 认定恶意敲诈需要充分的证据支持，如员工与他人的沟通记录、威胁信件或邮件、索要财物的具体要求等。
公司的应对措施：
- 收集证据：公司应及时收集与员工存在事实劳动关系的证据，如入职时的沟通记录、工作安排文件、工资发放凭证、考勤记录等。同时，收集员工恶意敲诈的证据，如威胁或索要财物的具体记录。
- 协商解决：在掌握充分证据后，公司可以尝试与员工进行协商，明确告知其敲诈行为的违法性及后果，要求其停止敲诈并通过合法途径解决纠纷。
- 法律途径：如果协商无果，公司应果断采取法律手段，向劳动争议仲裁机构或人民法院提起申诉或反诉，借助法律的强制力维护自身合法权益，追究敲诈者的法律责任。
三、公司告员工敲诈的法律风险与注意事项
法律风险：
- 如果公司无法提供充分证据证明员工存在恶意敲诈行为，而仅凭主观臆断或猜测进行指控，可能会面临败诉的风险，甚至可能因诬告而承担法律责任。
- 即使公司能够证明员工存在恶意敲诈行为，但如果处理不当（如公开指责、侵犯员工隐私等），也可能引发其他法律纠纷或声誉损害。
注意事项：
- 公司在处理此类纠纷时，应保持冷静和理性，避免情绪化决策或行为。
- 公司应依法行事，遵循法律程序和规定，确保自身行为的合法性和合规性。
- 如有需要，公司可以寻求专业律师的帮助和指导，以确保自身权益得到充分保障。
建议：公司在面对员工以不签劳动合同为由进行仲裁时，应首先审视自身在劳动合同签订方面是否存在合规瑕疵。如果存在瑕疵，应按照法律法规规定进行补偿；如果认为员工存在恶意敲诈行为，则应及时收集证据并采取法律手段维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。