被开除的员工不配合办理离职手续，用人单位可采取以下措施依法处理：
一、前置通知与明确责任
- 书面通知：用人单位应向员工发送正式的书面通知，明确告知其被开除的原因、依据及办理离职手续的期限和要求。通知需通过挂号信、电子邮件等可留存记录的方式送达，确保员工收到。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，需出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者也需按约定完成工作交接。
二、积极沟通与协商
- 了解原因：用人单位应主动与员工沟通，了解其不配合办理离职手续的具体原因，如误解、不满或实际困难。
- 寻求解决方案：通过沟通，尝试解决员工的疑虑和问题，共同寻求双方都能接受的解决方案。例如，针对工作交接任务繁重的情况，可适当延长交接时间；对工资结算存在异议的，及时进行核对和清晰解释。
三、依法进行薪资结算与开具离职证明
- 薪资结算：即便员工不配合离职手续，用人单位仍需依据《工资支付暂行规定》第九条，在劳动关系解除或终止时，一次性付清员工工资。
- 开具离职证明：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十九条，用人单位有义务在解除或终止劳动合同时为员工出具离职证明，该证明应包含劳动合同期限、解除或终止日期、工作岗位及在本单位的工作年限等关键信息。
四、固定证据与追究赔偿责任
- 收集证据：面对员工不配合办理离职手续且因此给用人单位造成经济损失（如项目延误、公司机密泄露）的情况，用人单位需及时收集和固定相关证据，包括书面文件、电子邮件、聊天记录及证人证言等。
- 追究责任：在掌握充分证据的基础上，可与员工协商赔偿；协商不成时，则可通过法律途径追究其赔偿责任。依据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或违反劳动合同中约定的保密义务或竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
五、完善规章制度与加强入职管理
- 完善规章制度：为防止类似情况再次发生，用人单位应进一步完善公司的规章制度，明确离职手续的办理流程、时间要求及违规处理措施，并将其纳入员工手册，确保每位员工都清晰了解。
- 加强入职管理：在员工入职时，应签订详细的劳动合同，明确双方的权利与义务，特别是离职手续的办理要求。同时，建议要求员工提供紧急联系人信息，以便在必要时能及时取得联系。
处理此类情况时，用人单位应保持耐心与细心，尽量避免与员工产生冲突。通过和气的沟通与专业的处理，不仅能够有效解决当前问题，还能为未来可能产生的劳资纠纷奠定良好的解决基础。在整个过程中，既要维护公司的合法权益，也要展现出人性化的一面，让员工感受到公司的关怀与理解，从而和平地完成整个离职过程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。