结论前置：预支工资在发薪时的扣除方式（一次性扣回或按月扣回），法律并未强制规定，需以劳动合同或双方约定为准。若未约定，用人单位应遵循公平合理原则，不得单方面强制一次性扣除。以下是具体分析：

1. 法律未明确规定扣除方式，以约定或制度为准

根据《工资支付暂行规定》第七条，工资应在用人单位与劳动者约定的日期支付，但未规定预支工资的扣除方式。因此：

• 若劳动合同或入职协议中明确约定（如“预支款项在发薪时一次性扣除”或“分3个月扣除”），用人单位应按约定执行；
• 若无约定，用人单位需与劳动者协商确定扣除方式，不得单方面强制一次性扣回，否则可能涉嫌侵犯劳动者财产权。

2. 用人单位无权单方面强制一次性扣除

若双方未约定扣除方式，用人单位擅自一次性扣回预支款可能面临以下风险：

• 违反公平原则：一次性扣除可能导致劳动者当月收入低于最低工资标准（如当地最低工资为2000元，劳动者应发工资3000元，一次性扣回2500元预支款后仅剩500元），违反《劳动法》第四十八条“最低工资保障”规定；
• 劳动者可主张权利：若用人单位行为导致劳动者生活困难，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还超额扣除部分。

3. 建议操作：明确约定+分阶段扣除

为避免纠纷，建议双方：

• 书面约定扣除方式：在劳动合同或补充协议中明确“预支款分X个月扣除，每月扣除金额不超过当月工资的XX%”；
• 保留证据：劳动者应保留预支款收据、工资条等证据，以便维权；
• 协商优先：若发生争议，双方应优先协商，协商不成可申请劳动仲裁。

总结：预支工资的扣除方式需以约定或制度为准，无约定时用人单位不得单方面强制一次性扣除。若您遇到此类问题，可进一步提供劳动合同、预支协议等材料，我将为您分析具体风险及应对方案。