在审理建设工程施工合同纠纷案件中，关于如何认定财政评审中心出具的审核结论，这是一个涉及合同效力、资金监管以及法律适用等多个层面的复杂问题。以下是我根据相关法律法规及司法实践，为您提供的详细解答：
一、财政评审中心审核结论的性质
财政评审中心对财政投资的评定审核，本质上属于国家对建设单位基本建设资金的监督管理行为。这种审核并不直接改变建设单位与承建单位之间的合同关系，也不影响合同的效力及履行。它更多地是一种行政监管手段，旨在确保财政资金的安全和有效使用。
二、审核结论作为结算依据的条件
虽然财政评审中心的审核结论本身不具有直接决定合同结算的效力，但在特定情况下，它可以作为结算的依据。这主要取决于建设工程施工合同中的具体约定：
合同明确约定：如果建设工程施工合同中明确约定了以财政投资的审核结论作为结算依据，那么在该合同框架下，财政评审中心出具的审核结论就应当被视为结算的依据。这是因为合同是双方意思自治的体现，一旦合同中有明确约定，双方就应当遵守。
无明确约定时的处理：如果合同中没有明确约定以财政评审中心的审核结论作为结算依据，那么该审核结论就不能直接作为结算的依据。此时，双方应当根据合同的其他条款以及相关法律法规的规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决结算问题。
三、司法实践中的处理原则
在司法实践中，人民法院在审理建设工程施工合同纠纷案件时，通常会遵循以下原则来处理财政评审中心出具的审核结论：
尊重合同约定：首先会审查合同中是否有关于以财政评审中心审核结论作为结算依据的明确约定。如果有，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么人民法院通常会尊重这一约定。
保护合法权益：在处理纠纷时，人民法院会注重保护双方当事人的合法权益，确保结算结果的公平、公正和合理。如果财政评审中心的审核结论存在明显不合理或错误的情况，人民法院可能会根据实际情况进行调整或不予采纳。
依法裁判：无论合同如何约定，人民法院在审理案件时都会严格依照法律法规的规定进行裁判。如果财政评审中心的审核结论与法律法规相抵触或违反了公平、公正的原则，人民法院将不会将其作为结算的依据。
四、建议与注意事项
对于建设单位和承建单位来说，在签订建设工程施工合同时，应当明确约定结算方式和依据，以避免后续产生纠纷。如果合同中约定了以财政评审中心的审核结论作为结算依据，那么双方应当确保审核过程的公正、透明和合法，以确保审核结论的准确性和可靠性。同时，在发生纠纷时，双方应当积极通过协商、调解等方式解决争议，以维护双方的合作关系和利益。
综上所述，财政评审中心出具的审核结论在审理建设工程施工合同纠纷案件中的认定问题，需要综合考虑合同约定、法律法规以及司法实践中的处理原则。希望以上解答能够对您有所帮助。