员工盗窃公司财物时，公司不能直接扣钱，而是应通过法律途径追究员工的责任，并要求赔偿损失。关于盗窃金额与判刑标准的关系，以及赔偿的处理方式，具体如下：

一、盗窃金额与判刑标准

根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》以及相关法律规定，员工盗窃公司财物，达到一定金额标准时，会面临不同的刑事处罚：

1. 数额较大：盗窃金额达到一千元至三千元以上时，认定为“数额较大”，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。
2. 数额巨大：盗窃金额达到三万元至十万元以上时，认定为“数额巨大”，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
3. 数额特别巨大：盗窃金额达到三十万元至五十万元以上时，认定为“数额特别巨大”，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。

需要注意的是，各地司法实践中，会根据本地区经济发展状况，并考虑社会治安状况，在上述幅度内确定具体的数额标准。因此，实际判刑时，还需结合当地的执行标准。

二、赔偿的处理方式

当员工盗窃公司财物时，公司不能通过直接扣钱的方式来弥补损失，而应通过以下法律途径来要求赔偿：

1. 刑事附带民事诉讼：公司可以向公安机关报案，由司法机关依法追究员工的刑事责任。同时，公司可以通过刑事附带民事诉讼的方式，要求员工返还被盗物品或赔偿相应价值。若物品已无法返还，则需按物品价值进行赔偿，物品价值的确定可依据购买发票、市场评估价等。
2. 民事诉讼：若员工盗窃行为给公司造成其他直接经济损失，如因物品被盗导致的业务延误损失等，公司也可单独提起民事诉讼，要求员工赔偿这些损失。

三、公司内部处理与法律程序

1. 公司内部处理：公司可以依据自身的规章制度，对涉事员工进行纪律处分，如辞退、罚款等。但需注意，公司的处理不能违反法律法规，且处理过程需遵循合理程序，保障员工的合法权益，比如给予其陈述和申辩的机会。
2. 法律程序：无论公司内部如何处理，都不能替代法律程序。公司应及时固定证据，如监控录像、出入库记录等，并向公安机关报案。公安机关立案后会展开侦查，追究员工的刑事责任。

建议：面对员工盗窃公司财物的情况，公司应保持冷静，通过法律途径来维护自身的合法权益。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。