针对您提出的“刑事案件2次退侦后发现新证据怎么办”的问题，这是一个涉及刑事诉讼程序复杂且关键的问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、新证据与原案关联性的处理
并案处理：
- 当新发现的证据或犯罪事实与原有案件存在紧密关联，且对案件的定罪和量刑产生显著影响时，检察机关可能会考虑将两起案件合并审查起诉。
- 在此情况下，侦查机关需要对新发现的犯罪事实进行补充侦查，全面调查事实、收集证据。补充侦查的期限通常为一个月，且以两次为限。
单独立案：
- 如果新发现的证据或犯罪事实相对独立，与原有案件无紧密关联，那么检察机关可能会选择对此进行单独立案调查。
- 这意味着新发现的犯罪事实将作为一个全新的案件进行侦查、起诉和审判。
二、侦查羁押期限的重新计算
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，退回补充侦查以两次为限。但在二次退侦后又发现新的犯罪事实时，应当重新计算侦查羁押期限。
- 重新计算侦查羁押期限的目的是为了保障侦查机关有足够的时间对新发现的犯罪事实进行全面、深入的侦查，以查明案件全貌、准确认定犯罪。
- 侦查机关在重新计算侦查羁押期限时，必须严格按照法定程序进行，包括履行相应的审批和告知等手续，以保障犯罪嫌疑人的合法权益。
三、证据不足时的处理原则
- 无论并案处理还是单独立案，如果现有证据不足以证明犯罪嫌疑人有罪，检察机关都应当根据疑罪从无的原则，作出不起诉的决定。
- 疑罪从无原则是刑事诉讼中的重要原则，它要求在没有充分证据证明犯罪嫌疑人有罪的情况下，不得对其定罪处罚。
四、证据充足时的处理流程
- 如果新发现的证据或犯罪事实证据充足，检察机关应当依法提起公诉，由法院根据查明的事实和法律规定作出判决。
- 在此过程中，法院将全面审查证据，确保判决的公正性和准确性。
五、实际操作中的关键要点
- 在并案过程中，证据的收集和整合规则至关重要。侦查机关需要确保证据的合法性、真实性和关联性，以便在法庭上有效证明犯罪嫌疑人的罪行。
- 新罪与旧罪在量刑时如何综合考量也是一个关键问题。法院在判决时，将根据犯罪嫌疑人的犯罪情节、社会危害程度以及悔罪表现等因素进行综合考量，以确定合适的刑罚。
综上所述，刑事案件2次退侦后发现新证据的处理方式取决于新证据与原案的关联性、证据的充分性以及法律程序的规定。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。