针对您提出的“刑事案件二次退侦后证据确凿检察怎么处理”的问题，以下是我根据相关法律和常规流程为您提供的详细解答：
首先，我们要明确的是，刑事案件在两次退侦后的处理，主要依据的是《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关的司法解释。在两次退侦后，如果检察院认为案件证据已经确凿，即犯罪事实已经查清，证据确实、充分，那么检察院将会依法作出起诉的决定，并按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。
具体来说，处理流程可能如下：
审查证据：检察院会对公安机关移送的所有证据进行细致的审查，包括物证、书证、证人证言、被害人陈述、犯罪嫌疑人供述和辩解、鉴定意见、勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录以及视听资料、电子数据等，以确保证据的真实性、合法性和关联性。
决定起诉：如果经过审查，检察院认为案件证据确实、充分，能够清晰地证明犯罪嫌疑人的犯罪事实，且符合起诉条件，那么就会依法作出起诉的决定。此时，检察院会按照审判管辖的规定，将案件移送至相应的人民法院进行审理。
提起公诉：在提起公诉时，检察院会向法院提交起诉书、案卷材料、证据等，并指派检察官出庭支持公诉，指控犯罪，提出量刑建议等。
另外，值得注意的是，如果在两次退侦期间或之后，检察院发现了新的重要事实或证据，这些新的证据可能影响案件的定罪量刑，那么检察院可能会再次要求公安机关补充侦查，或者自行进行侦查。但这种情况较为罕见，且需严格遵循法定程序和时限。
总的来说，刑事案件在两次退侦后，如果证据确凿，检察院会依法向法院提起公诉，进入审判程序。这是基于法律的明确规定和刑事诉讼的常规流程。希望这个解答能够对您有所帮助。