当案件经过检察院二次退侦后，公安机关的处理方式主要遵循《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，并结合案件的具体证据情况来决定后续行动。以下是对此问题的详细解答：
一、二次退侦后的基本处理原则
根据法律规定，检察院在审查起诉阶段，如果认为案件证据不足，可以退回公安机关补充侦查，且补充侦查以二次为限。对于第二次补充侦查后的案件，检察院需根据证据情况作出相应决定，而公安机关则需根据检察院的反馈进行相应的处理。
二、公安机关的具体处理方式
补充侦查：
- 公安机关在接到检察院的退侦通知后，应在一个月以内完成补充侦查工作。
- 补充侦查应针对检察院指出的证据不足或遗漏部分进行深入调查取证，确保案件证据的完整性和充分性。
重新移送审查起诉：
- 若经过二次补充侦查后，公安机关认为证据确实充分，符合起诉条件，应重新制作起诉意见书，并将案件材料、证据等一并移送检察院审查起诉。
三、检察院的后续处理决定
提起公诉：
- 若检察院经审查认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，将作出起诉决定，并向人民法院提起公诉。
不起诉决定：
- 法定不起诉：若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一（如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的等），检察院应作出不起诉决定。
- 存疑不起诉：若经过二次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应作出存疑不起诉决定。此时，若发现新的证据且符合起诉条件，检察院可以重新提起公诉。
- 酌定不起诉：若犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院也可以作出不起诉决定。
四、其他相关处理措施
变更强制措施：
- 在退侦期间，若犯罪嫌疑人的羁押期限届满且案件尚未办结，检察院或公安机关应及时变更强制措施，如取保候审或监视居住等，以保障犯罪嫌疑人的合法权益。
沟通与协作：
- 检察官在退侦前会与公安机关办案人员进行沟通，明确退侦原因和需要补充的证据材料。同时，检察院会制作详细的补充侦查提纲，指导公安机关进行有针对性的补充侦查，提高补充侦查的针对性和效率。
继续侦查的特殊情况：
- 理论上，若检察院认为仍有必要进一步侦查，可能会要求公安机关继续侦查。但实践中，由于法律规定补充侦查以二次为限，这种情况较为少见。若确实需要继续侦查，应依法办理相关手续并说明理由。
五、注意事项与后续行动
- 立即释放：若检察院作出不起诉决定，且被不起诉人在押的，公安机关应立即释放被不起诉人。
- 复议与复核：对于不起诉的案件，若公安机关认为不起诉决定有错误，可以要求复议；若意见不被接受，可向上一级人民检察院提请复核。
- 被害人申诉：对于有被害人的案件，若被害人对不起诉决定不服，可以向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。
综上所述，案件经过检察院二次退侦后，公安机关的处理方式主要取决于案件的证据情况。公安机关应积极配合检察院的补充侦查要求，确保案件证据的完整性和充分性，以便检察院能够依法作出公正的处理决定。