单位规定调休超过一年清零是否合法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性分析
有明确规章制度且程序合法：
- 如果用人单位有明确的规章制度规定调休的有效期为一年，且该规章制度制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定）、已向劳动者公示告知，那么在这种情况下，加班调休过一年可能会清零。这是因为用人单位在遵守法定程序的前提下，享有一定的自主管理权。
无明确规定或程序不合法：
- 如果用人单位没有此类明确规定，或者虽然有规定但制定程序不合法（如未经过职工讨论或协商）、未向劳动者公示告知，那么加班调休不应在一年后随意清零。劳动者有权要求用人单位按照合法有效的约定或规定安排调休。
二、法律依据与权益保障
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保障劳动者享受这一权利。对于加班调休的安排，虽然法律没有明确规定调休的有效期，但要求用人单位应当合理、公平地处理。
- 当劳动者与用人单位就加班调休的有效期等问题产生争议时，劳动者可以与用人单位进行协商沟通。若协商不成，可向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁等法律途径来维护自身合法权益。
三、实际建议
核查规章制度：
- 劳动者应首先核查用人单位的规章制度，看是否有关于调休有效期的明确规定，以及该规定的制定程序是否合法、是否已向劳动者公示告知。
与用人单位协商：
- 如果发现用人单位的规定存在问题或不合理，劳动者可以与用人单位进行协商，提出自己的意见和诉求。
寻求法律援助：
- 若协商无果，劳动者可以寻求法律援助，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结来说，单位规定调休超过一年清零是否合法，取决于用人单位是否有明确的规章制度、该规章制度的制定程序是否合法以及是否已向劳动者公示告知。劳动者在面对此类问题时，应核查规章制度、与用人单位协商，并在必要时寻求法律援助。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。