调休时长被清零是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 如果公司有明确的规章制度，且该规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向劳动者进行了公示或告知，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
- 若规章制度中明确规定了调休时长的清零条件（如每年年底清零、离职时清零等），且这些条件不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度清零调休时长可能是合法的。
规章制度违法性：
- 如果公司的规章制度未经民主程序制定，或者未向劳动者进行公示或告知，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。
- 若规章制度中的清零条件违反了法律法规的强制性规定（如剥夺劳动者调休权利、设置不合理的清零条件等），那么公司按照这样的规章制度清零调休时长就是违法的。
二、劳动合同的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了调休时长的处理方式（如调休时长可以累积、不得清零等），那么公司应当按照劳动合同的约定执行。
- 若公司未经劳动者同意，擅自清零调休时长，就违反了劳动合同的约定，属于违法行为。
劳动合同变更：
- 如果公司想要变更劳动合同中关于调休时长的约定，应当与劳动者进行协商，并达成一致意见。
- 若公司未经协商，单方面变更劳动合同并清零调休时长，也是违法的。
三、法律法规的角度
劳动法规定：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利。调休作为劳动者休息休假的一种方式，应当受到法律的保护。
- 公司不得随意剥夺劳动者的调休权利，包括不得擅自清零调休时长。
具体情形分析：
- 如果公司因为经营需要或其他合理原因，需要调整调休政策，应当与劳动者进行充分沟通，并尽量达成一致意见。
- 若公司未经沟通或协商，直接清零调休时长，且没有合理的理由或依据，那么这种行为就可能构成违法。
法律建议
审查公司规章制度：
- 劳动者可以首先审查公司的规章制度，了解其中关于调休时长的规定是否合法、合理。
核对劳动合同：
- 核对劳动合同中关于调休时长的约定，确保公司没有违反劳动合同的约定。
与公司协商：
- 如果发现公司存在违法清零调休时长的行为，可以与公司进行协商，要求公司恢复调休时长或给予相应的补偿。
寻求法律援助：
- 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结来说，调休时长被清零是否合法，取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及法律法规的规定。如果公司未经合法程序或违反法律法规、劳动合同的约定清零调休时长，那么这种行为就是违法的。劳动者在遇到这种情况时，应当及时审查相关证据，与公司协商或寻求法律援助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。