调休取消是否合法，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、调休安排本身需合法
调休应基于合理原因：
- 调休通常是为了应对特殊情况，如自然灾害、设备故障等导致的停工，或是为了平衡工作负荷、保障生产连续性等。若调休安排缺乏合理依据，可能引发员工不满，甚至面临法律挑战。
调休应遵守法定程序：
- 调休安排需遵循公司内部的规章制度，并确保这些制度符合法律法规的要求。例如，调休决定应提前通知员工，并给予员工充分的表达意见和申诉的机会。
调休不得侵犯员工权益：
- 调休不应成为变相加班或剥夺员工休息权的手段。根据《劳动法》等相关规定，员工有权享受法定的休息日和节假日。若调休导致员工连续工作超过法定时限，或剥夺了员工应享有的休息权益，则可能构成违法。
二、调休取消的合法性判断
若调休安排本身违法，取消则合法：
- 如果调休安排违反了法律法规或公司内部规章制度，如未经员工同意擅自调休、调休时间过长导致员工权益受损等，那么公司有权取消该调休安排，并恢复正常的作息时间。
若调休安排合法但因故取消，需协商并补偿：
- 如果调休安排原本合法，但因不可抗力（如自然灾害、政策调整等）或公司经营需要等原因而取消，公司应与员工进行充分协商，并尽可能提供合理的补偿方案，如安排补休、支付加班费等。
若调休取消缺乏合理依据，则可能违法：
- 如果公司无正当理由擅自取消调休安排，且未提供任何补偿措施，那么这种行为可能构成对员工权益的侵犯，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、实际案例中的调休取消合法性分析
- 以您提到的深圳疆拓商贸有限公司为例，该公司因台风停工后安排调休，但因员工举报而取消调休并取消额外年假。在此案例中，若调休安排本身合法且符合公司规章制度，但取消调休缺乏合理依据（如未与员工协商、未提供补偿等），则公司的行为可能构成违法。然而，若超过法定年假的休假在合同上没有明确要求，公司取消这部分休假则并不违法。
四、建议与措施
公司应完善调休制度：
- 公司应制定明确的调休政策，确保调休安排合法、合理且符合员工利益。同时，公司应加强与员工的沟通与协商，确保调休安排得到员工的理解和支持。
员工应了解自身权益：
- 员工应了解自己的休息权和调休权益，并在遇到调休安排不合理或取消调休时及时与公司沟通或寻求法律援助。
双方应依法处理争议：
- 若调休取消引发争议，双方应依法通过协商、调解或仲裁等方式解决争议。在处理争议过程中，双方应尊重事实、遵守法律并保持理性态度。
若您遇到调休取消等劳动纠纷问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。