结论：公司在新员工未满一年时扣回之前补发的费用，是否合法需视具体情况而定，但一般情况下，若无合法依据，这种做法是不合法的。
一、从劳动合同角度分析
劳动合同的约定：
- 如果劳动合同中明确规定了在新员工未满一年时需要扣回之前补发的费用，且这种约定不违反法律法规的强制性规定（如不违反最低工资标准、不侵犯劳动者基本权益等），那么公司可能有一定的依据进行扣回。但这种情况较为少见，因为通常劳动合同不会设置如此对劳动者不利的条款。
- 若劳动合同无此约定：公司无权单方面扣回之前补发的费用。劳动合同是双方自愿、平等、协商一致的基础上签订的，公司不能随意变更合同内容，尤其是对劳动者不利的变更。
劳动合同的变更：
- 即使公司认为需要扣回费用，也必须与劳动者协商一致，并签订书面的变更协议。未经劳动者同意，公司不得擅自变更劳动合同内容。
二、从法律法规角度分析
《劳动法》与《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者有权获得与其劳动相应的报酬。公司扣回之前补发的费用，实际上是在减少劳动者的报酬，这可能违反法律法规的规定。
- 特别是如果扣回的费用涉及到劳动者的基本工资或法定福利，那么这种做法更是明显违法。
工资支付的规定：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。公司扣回之前补发的费用，可能构成克扣工资的行为。
三、从实际操作与合理性角度分析
公司的操作合理性：
- 即使公司认为有扣回费用的必要（如新员工未满一年离职给公司带来了损失），也应当通过合法、合理的方式来解决，如与劳动者协商、要求劳动者承担相应的违约责任等，而不是直接扣回之前补发的费用。
- 直接扣回费用可能引发劳动者的不满和纠纷，对公司的形象和劳动关系造成负面影响。
劳动者的权益保护：
- 劳动者有权拒绝公司的不合理要求，并可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
建议
- 对于公司：应当遵守法律法规和劳动合同的约定，不得随意扣回之前补发的费用。如果认为有扣回的必要，应当与劳动者协商一致，并签订书面的变更协议。
- 对于劳动者：如果公司擅自扣回之前补发的费用，可以与公司进行沟通协商，要求公司恢复原状或给予合理的解释和补偿。如果协商无果，可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
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