企业未经员工同意擅自扣除年终年补工资是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了工资的支付方式和不得克扣的原则，企业擅自扣除年终年补工资违反了这一规定。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果劳动合同中没有明确约定可以扣除年终年补工资，企业擅自扣除则违反了劳动合同的约定。
合法与不合法的情形对比
合法情形：
- 如果企业与员工在劳动合同、员工手册或其他相关文件中明确约定了工资构成包含基本工资和年终年补等部分，并约定了年终年补的发放条件和金额，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么企业可以按照约定执行。但这种情况下的扣除并非随意，而是基于双方的明确约定。
不合法情形：
- 企业与员工没有事先约定或约定不明确，擅自扣除年终年补工资。
- 即使有事先约定，但扣除后的工资低于当地最低工资标准或劳动合同约定工资的法定比例。
- 企业以行业惯例或特殊经营需要为由，但未与员工明确约定，擅自扣除年终年补工资。
法律后果与维权途径
法律后果：
- 如果企业存在非法扣除年终年补工资的行为，劳动者有权向劳动行政部门投诉举报，要求企业纠正违法行为并补发被扣除的工资。
- 企业还可能面临劳动保障行政部门的处罚，如责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等。
维权途径：
- 劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动行政部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
实际操作建议
对于员工：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成和发放的部分，确保自己的权益得到保障。
- 如遇到企业擅自扣除年终年补工资的情况，应及时收集证据（如工资条、劳动合同等），并向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
对于企业：
- 在制定工资政策时，应确保与员工进行充分沟通并达成明确约定，避免潜在的法律风险。
- 如需调整工资政策或扣除部分工资作为年终奖等，应提前与员工协商并取得其同意，同时确保扣除后的工资不低于法定标准。
总结：企业未经员工同意擅自扣除年终年补工资是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在遇到此类情况时及时采取法律措施维护自己的合法权益。企业也应遵守相关法律法规，确保工资政策的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。