结论：休年假扣餐补是否合法，主要取决于餐补的性质以及用人单位的相关规定。1. 若餐补属于工资组成部分，则休年假时扣除是不合法的；2. 若餐补属于福利性质，且公司规定明确并合法，则扣除可能是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、餐补的性质
工资组成部分：
- 根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等。如果餐补被认定为工资性补贴，即属于工资的一部分，那么它是劳动者劳动报酬的组成内容。
- 根据《职工带薪年休假条例》，职工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。因此，若餐补属于工资组成部分，用人单位在职工休年假时扣除餐补是不合法的。
福利性质：
- 如果餐补是用人单位给予员工的一项福利，并非工资的组成部分，那么其发放可能受到公司规章制度的约束。
二、用人单位的规定
规章制度的重要性：
- 用人单位的规章制度对于判断餐补在休年假时是否被扣除具有关键作用。如果规章制度明确规定，只有员工正常出勤工作才享有餐补，休年假等假期期间不发放餐补，并且这些规章制度已经过合法程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定等），且已向劳动者公示或告知，那么这种扣除通常是合法的。
劳动合同的约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间权利义务的重要依据。如果劳动合同中有关于餐补的具体约定，如是否属于工资、休年假时是否扣除等，这些约定也将对判断合法性产生重要影响。
三、劳动者的权益保护
协商沟通：
- 如果劳动者认为用人单位休年假扣餐补的行为侵犯了自己的合法权益，首先可以尝试与用人单位进行协商沟通，寻求解决方案。
法律途径：
- 如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自身权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如劳动合同、公司规章制度、工资单等，以证明自己的主张。
四、特殊情况
- 如果公司与员工在劳动合同或其他书面协议中明确约定了餐补的发放条件和标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，公司可按照约定执行。但这种情况较为特殊，需有明确的书面依据。
建议：作为劳动者，在遇到休年假扣餐补的情况时，应首先了解餐补的性质以及用人单位的相关规定。如果认为自己的权益受到侵害，可以与用人单位进行协商沟通，或者寻求法律途径来维护自己的合法权益。同时，也建议用人单位在制定规章制度时，应充分考虑劳动者的权益，确保规章制度的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。