核心结论：请假扣除年终补助是否合法需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定及扣除比例的合理性。以下从不同角度展开分析：

1. 若公司规章制度或劳动合同明确约定“请假扣除年终补助”

• 合法性前提：需满足以下条件：
  • 规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等）；
  • 内容不违反法律强制性规定（如扣除后工资不得低于当地最低工资标准）；
  • 员工已签字确认或通过其他方式知悉该规定。
• 扣除比例合理性：即使制度合法，扣除比例也需合理。例如：
  • 若请假1天扣除全年补助的20%，可能因显失公平被认定为无效；
  • 若按请假天数比例扣除（如全年请假10天，扣除补助的10%），则更易被接受。

2. 若公司无明确规定，擅自扣除年终补助

• 可能违法：年终补助若属于工资组成部分（如“十三薪”），公司无权单方面扣除；
• 例外情形：若员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可按劳动合同约定要求赔偿，但需举证损失与请假行为的直接关联性（实践中难度较高）。

3. 操作建议

• 对员工：
  1. 核查劳动合同、员工手册中是否有相关条款；
  2. 计算扣除比例是否合理（如全年补助5000元，请假5天扣除1000元，可能不合理）；
  3. 若公司违法扣除，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对公司：
  1. 制定规章制度时明确扣除规则（如“全年请假超过15天，扣除50%年终补助”）；
  2. 确保制度经民主程序公示，并留存员工确认记录；
  3. 扣除前与员工沟通，避免纠纷。

温馨提示：年终补助的性质（如福利还是工资）可能影响法律定性，建议结合具体证据（如工资条、制度文本）进一步分析。若有疑问，可直接向我提供细节，我会为您详细解答。