当您发现老板发放的工资与劳动合同中的约定不符时，您可以按照以下步骤来处理这个问题，以维护自己的合法权益：

一、初步核实与对比

1. 仔细核对：首先，您需要认真核对工资发放记录与劳动合同中的约定条款，明确找出两者之间的差异。

2. 评估差异：判断这些差异是否在合理范围内。例如，如果是绩效奖金的浮动，且这种浮动在合同中有明确说明或属于行业常规，那么可能无需过于担心。但如果差异涉及工资基数、福利待遇等核心条款，且与合同明显不符，那么您就需要采取进一步行动。

二、与用人单位协商

1. 提出疑问：当发现工资与合同不符时，您有权向用人单位提出疑问，并要求其解释原因。

2. 协商解决：如果用人单位能够给出合理的解释，并且愿意按照合同约定进行补发或调整，那么问题可能就此解决。但如果用人单位无法合理解释或拒绝改正，您就需要考虑采取更正式的措施。

三、向劳动监察部门投诉

1. 准备证据：在投诉前，您需要收集并保留好相关证据，如工资条、银行流水记录、劳动合同等，以证明工资发放与合同不符的事实。

2. 提交投诉：向当地劳动监察部门提交投诉，详细说明情况，并提供相关证据。劳动监察部门会依法对用人单位进行调查，并责令其限期支付拖欠的工资或按照合同约定进行调整。

四、申请劳动仲裁

1. 了解仲裁流程：如果劳动监察部门的处理未能解决问题，或者您希望直接通过法律途径解决争议，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

2. 提交仲裁申请：在申请仲裁时，您需要提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会会根据事实和法律规定作出裁决，要求用人单位支付拖欠的工资及可能的经济补偿金。

五、考虑法律诉讼

1. 对仲裁结果不满：如果您对仲裁结果不满意，或者用人单位拒不履行仲裁裁决，您可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

2. 寻求法律援助：在整个过程中，如果您感到自己无法单独应对或情况复杂，可以寻求律师或法律援助机构的帮助。

六、注意事项

• 遵守法定程序：在处理此类问题时，务必了解并遵守相关的法律法规和程序要求，以确保自己的权益得到合法保护。
• 保护个人权益：在整个过程中，要时刻关注自己的合法权益，避免受到不必要的侵害。
• 保持冷静理性：无论与用人单位协商还是向相关部门投诉，都要保持冷静和理性，避免情绪化的表达和行为。

希望以上建议能够帮助您妥善处理工资与合同不符的问题。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，不妨寻求专业法律人士的帮助。