与个体工商户签订合同后，工资由店长支付这一安排是否合理，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度为您详细解析：

1. 合同约定优先

• 核心原则：根据《民法典》合同编，劳动合同或劳务合同中关于工资支付主体的约定具有法律效力。若合同明确约定工资由店长支付（例如店长作为个体工商户的授权代表或财务负责人），且该约定不违反法律强制性规定（如最低工资标准、支付周期等），则该安排合法合理。
• 例外情形：若合同未明确约定支付主体，或约定模糊（如仅写“由雇主支付”），则需结合实际履行情况判断。

2. 实际履行情况的影响

• 店长代付的合法性：若个体工商户的经营者（即营业执照上的“经营者”）授权店长代为支付工资，且店长实际履行了支付义务（如通过个人账户转账、签字确认工资单等），可视为个体工商户的履行行为。此时，工资由店长支付不违反法律规定。
• 风险点：若店长未获授权，或个体工商户否认店长代付行为（如主张店长个人行为与个体工商户无关），劳动者可能面临工资支付主体争议。此时需结合其他证据（如工作证、考勤记录、工作群聊天记录等）证明劳动关系主体。

3. 法律责任归属

• 个体工商户的责任：根据《民法典》第五十四条，个体工商户的债务由经营者个人承担。即使工资由店长支付，若个体工商户未实际履行支付义务（如店长未支付或支付不足），劳动者仍有权要求个体工商户的经营者承担支付责任。
• 店长的责任：若店长无合法授权且未以个体工商户名义支付工资（如以个人名义借款支付），可能被认定为个人债务，与个体工商户无关。此时劳动者需向店长个人主张权利。

4. 实务建议

• 签订合同时：明确约定工资支付主体、支付方式（如银行转账、现金等）及支付周期，避免模糊表述。
• 支付时：要求通过个体工商户的对公账户或经营者个人账户支付，并保留转账记录、工资单等证据。
• 争议时：若发生工资纠纷，优先与个体工商户协商；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，同时提交合同、工作证据等材料。

总结：工资由店长支付是否合理，关键在于合同约定和实际履行情况。若合同明确授权且实际履行无误，则合法；若存在争议，需结合证据判断法律责任主体。建议您在签订合同时明确条款，并保留支付证据，以降低风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。