结论前置：在劳动合同中约定员工请假按应发工资全额扣除的条款时，需确保条款合法、合理且明确，以下从条款设计、合法性审查、风险防范三个角度提供具体写法及建议。

1. 条款设计：明确请假类型与扣薪规则

• 区分请假类型：建议将请假分为“有薪假”（如年假、病假、婚假等法定假期）和“无薪假”（如事假、旷工等），仅对“无薪假”约定扣薪规则，避免对法定有薪假进行扣薪。
• 扣薪计算方式：明确扣薪基数为“应发工资”（即扣除社保、公积金等个人缴纳部分前的工资），并约定扣薪比例或具体金额。例如： > “员工申请事假期间，公司按其日应发工资标准扣除工资。日应发工资=月应发工资÷21.75天（或按实际出勤天数计算）。”
• 例外情形：可约定特殊情况下的扣薪限制，如“员工因突发疾病需紧急请假，且提供有效证明的，单日扣薪不超过日应发工资的50%”。

2. 合法性审查：避免违反劳动法强制性规定

• 最低工资保障：根据《劳动法》第四十八条，员工在法定工作时间内提供正常劳动的，工资不得低于当地最低工资标准。若扣薪后实发工资低于最低工资，条款无效。
  • 建议：在条款中增加“扣薪后月实发工资不低于当地最低工资标准”的兜底条款。
• 病假工资限制：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假工资不得低于当地最低工资的80%。若对病假全额扣薪，可能违法。
  • 建议：对病假单独约定扣薪规则，如“病假期间，公司按当地最低工资标准的80%支付工资”。
• 女职工保护：根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工产假、哺乳假期间不得扣薪。若条款涉及此类假期，需删除或修改。

3. 风险防范：完善程序与证据留存

• 请假审批流程：在合同中明确请假需提前申请并经公司批准，未批准擅自离岗按旷工处理。例如： > “员工请假需提前3日提交书面申请，经部门负责人审批后方可休假。未按规定申请或未获批准的，按旷工处理，旷工1日扣3日工资。”
• 证据留存要求：要求员工提供请假证明（如病假需医院诊断证明），否则公司有权不批准或按事假处理。
• 争议解决条款：约定争议解决方式，如“因本条款产生的争议，双方应协商解决；协商不成的，提交公司所在地劳动仲裁委员会仲裁”。

示例条款（综合版）

“员工申请事假期间，公司按其日应发工资标准扣除工资。日应发工资=月应发工资÷21.75天。扣薪后月实发工资不低于当地最低工资标准。
员工申请病假的，需提供二级以上医院诊断证明，病假期间公司按当地最低工资标准的80%支付工资。
员工未按规定申请请假或未获批准擅自离岗的，按旷工处理，旷工1日扣3日工资。
本条款未尽事宜，按国家及地方劳动法律法规执行。”

提示：劳动合同条款需符合《劳动法》《劳动合同法》等强制性规定，否则可能被认定为无效。建议公司在制定条款前，先由法律顾问审核，确保合法合规。如有具体条款设计需求，可直接向我咨询。