签订劳务报酬合同的员工请假后工资扣除方式需根据合同约定及法律规定综合判断，具体分以下两种情况处理：

1. 合同有明确约定时，按约定执行
   若劳务报酬合同中明确约定了请假期间的工资扣除规则（例如按日扣除固定比例、按实际缺勤时长折算等），且该约定不违反法律强制性规定（如最低工资标准、休息休假权益等），则双方应按合同履行。
   法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，双方应按约定履行义务。

2. 合同无约定或约定违法时，按法定标准处理

   • 若合同未约定请假工资扣除规则：需根据劳务性质判断。若属于劳动关系（即使签订的是“劳务合同”），则适用《工资支付暂行规定》第16条，用人单位可按劳动者实际缺勤天数扣除工资，但扣除后不得低于当地最低工资标准；若属于纯粹的劳务关系（如临时性、一次性劳务），则按实际提供劳务的时间或成果结算报酬，未提供劳务的部分无需支付报酬，但不得额外克扣。
     
   • 若合同约定违法（如扣除比例过高）：例如约定请假一天扣除三天工资，此类条款因显失公平或违反最低工资保障规定而无效，劳动者有权要求按法定标准结算。
     

实务建议：

• 对用人单位：签订劳务合同时应明确请假规则（如请假流程、扣除标准），并确保条款合法合理；实际扣除时需留存考勤记录等证据。
  
• 对劳动者：若发现扣除不合理，可先与单位协商；协商不成可向劳动监察部门投诉（若属劳动关系）或直接起诉（若属劳务关系）。
  

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