针对您提出的“农村空宅基地二调时是建设用地三调是耕地怎么办”的问题，这确实是一个涉及土地利用现状变更和法律程序的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、理解“三调”认定逻辑

首先，我们需要明确第三次全国国土调查（“三调”）的认定原则。三调以“现状认定”为核心，即根据土地的实际利用状况进行分类。若您的空宅基地在二调时被认定为建设用地，但在三调时因长期未建房且已种植农作物，被按现状地类调查为耕地，这是符合三调认定逻辑的。但同时，我们也要认识到，宅基地的权属证书（如宅基地证）与三调地类认定可能存在冲突，土地性质的变更需经法定程序，仅种植农作物并不直接导致宅基地属性失效。

二、核实三调认定依据

1. 核查宅基地状态：

   • 确认宅基地是否因未建房且长期闲置导致灭失。
   • 若宅基地证有效但三调误判，可申请调取原始权属档案和现状影像进行比对。

2. 申请地类复核：

   • 向自然资源部门提交宅基地证、历史审批文件等材料。
   • 提供现状未建房但符合宅基地规划的证据（如村集体证明）。
   • 说明三调认定耕地与权属之间的矛盾。

三、依法申请用地调整

若您希望恢复宅基地用途或进行建房，需按以下程序办理：

1. 用途变更程序：

   • 向村集体提交建房申请，经村民会议同意。
   • 报县级自然资源部门审核，必要时调整土地利用规划。
   • 涉及耕地转建设用地的，需落实耕地占补平衡。

2. 协调规划衔接：

   • 若原宅基地已纳入耕地保护范围，可申请在村内其他区域置换宅基地。
   • 若符合“一户一宅”政策且无其他住房，可主张优先保障居住权益。

四、法律风险提示与应对措施

1. 禁止擅自建设：

   • 在未完成地类变更或取得建房审批前，不得在已认定为耕地的地块上施工，否则可能被认定为“乱占耕地建房”并追责。

2. 时效性要求：

   • 三调成果为2020年统一时点数据，若现状已恢复为宅基地用途（如拆除农作物并重建房屋），可在年度国土变更调查中申请地类修正。

3. 优先协商与复核：

   • 通过村集体和自然资源部门协调，明确权属与地类矛盾的根源。

4. 严守程序合法性：

   • 若需建房，必须履行用地审批和规划调整手续。

5. 留存证据链：

   • 收集宅基地证、历史用地协议、现状影像等材料，支撑权利主张。

五、总结与建议

面对宅基地在二调与三调之间土地性质的变化，您应首先核实三调的认定依据，确保信息的准确性。若认为三调认定有误，可依法申请地类复核。若希望恢复宅基地用途或进行建房，需按法定程序办理相关手续，并严格遵守法律法规和规划要求。在整个过程中，建议您保持与村集体和自然资源部门的密切沟通，确保每一步都合法合规。同时，留存好相关证据材料，以备不时之需。