核心结论：违法占用农用地，即便二调显示变为建设用地，仍可能涉及违法用地行为，需根据具体情况接受调查处理，可能面临行政处罚甚至刑事责任，同时需关注土地现状与规划的合规性。以下是具体分析：

1. 违法占用农用地的性质认定
   根据《土地管理法》及《刑法》相关规定，未经批准擅自占用农用地（如耕地、林地等）进行非农业建设，属于违法行为。即使二调（第二次全国土地调查）显示土地性质已变更为建设用地，若该变更未经合法程序（如农用地转用审批、土地征收等），或实际用途与规划不符，仍可能被认定为违法占用农用地。
   关键点：土地性质变更需以合法审批为准，二调结果仅作为参考，不直接决定合法性。

2. 行政处理与处罚

   • 调查与认定：自然资源主管部门会调查土地变更的合法性，包括是否取得农用地转用许可、是否符合土地利用总体规划等。
     
   • 处罚措施：若认定违法，可能面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款（按占用面积处耕地开垦费倍数罚款）等行政处罚。
     示例：占用基本农田5亩以上，除罚款外，还可能被要求恢复土地原状。

3. 刑事责任风险
   若违法占用农用地达到“数量较大”（如占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），或造成耕地等农用地严重毁坏，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
   注意：刑事责任与行政处罚不互斥，可能同时追究。

4. 土地现状与规划的合规性

   • 若土地实际已通过合法程序转为建设用地（如完成农用地转用审批、供地手续），但未及时更新二调数据，需提供审批文件证明合法性。
     
   • 若土地仍为农用地但被错误调查为建设用地，需通过行政复议或诉讼纠正土地性质认定，再处理违法占用问题。

5. 建议处理步骤

   • 立即停止违法行为：避免进一步扩大损失。
     
   • 核查土地审批文件：确认土地变更是否合法，包括农用地转用批复、规划许可等。
     
   • 主动配合调查：向自然资源部门说明情况，提交证据材料，争取从轻处理。
     
   • 咨询专业律师：针对具体案情（如占用面积、土地类型、是否主动整改等），制定应对策略，降低法律风险。

总结：违法占用农用地的问题需结合土地变更的合法性、实际用途与规划一致性综合判断。建议优先通过合法途径确认土地性质，再根据调查结果采取整改或申诉措施。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案情。